از خرداد 60 و با خروج عناصر به اصطلاح لیبرالی از محدوده مدیریت کشور، یاران و شاگردان امام خمینی (ره) کاملا مصادر امور را به دست گرفتند. با این حال، تنها چند سال بعد شکاف و اختلاف نظر در میان آنها خود را نشان داد. این اختلافات قطع نظر از هر ریشه و دلیلی که داشت، ابتدا سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی را با مشکل مواجه کرد، سپس حزب جمهوری اسلامی را در خرداد 1366 به تعطیلی کشاند و در فروردین 67، به انشعاب جمعی از روحانیون انقلابی، از تشکلِ باسابقه جامعه روحانیت مبارز انجامید. چهره‌هایی مانند حجج اسلام موسوی خوئینی‌ها، کروبی، خاتمی، محتشمی‌پور و خلخالی، با کسب اجازه از امام، موجودیت خود را در قالب مجمع روحانیون مبارز تهران اعلام کردند. از آغاز انشعاب رسمی تا چند ماه بعد، موجی از نگرانی و درگیری میان نیروهای انقلابی در فضای سیاسی کشور پدید آمد. از این رو در 10 آبان 67، امام (ره) در پاسخ به نامه‌ای از سوی محمدعلی انصاری، تذکراتی را درباره چگونگی تداوم این رقابت درونی روحانیت انقلابی مطرح کرد که به منشور برادری مشهور شد.
مساله انشعاب و حواشی آن را می‌توان از زوایای گوناگونی بررسی کرد. اما یک مساله مهم، یافتن پاسخی مناسب برای این پرسش است که امام خمینی (ره)، چپی بود یا راستی؟ متمایل به جامعه روحانیت بود یا مجمع روحانیون؟ بنیانگذاران مجمع روحانیون، چه پس از تشکیل رسمی مجمع و چه پیش از آن، سعی بلیغی داشته و دارند که امام را هم‌نظر و موید دیدگاه‌های خود معرفی کنند. «1» آنها با استناد به برخی وقایع تاریخی ادعا می‌کنند که سیره حکومتی ده ساله امام، کاملا نشانگر حمایت او از جناح چپ و نظرات و شخصیتهای این جناح، و طبعاً، عتاب و مخالفت با افراد و نظریات جناح راست بوده است. حمایت امام (ره) از انتخاب مجدد میرحسین موسوی –شاخص‌ترین کلاهیِ نماینده تفکر چپ- برای نخست‌وزیری در سال 64 و در عین مخالفت قلبی آیت‌الله خامنه‌ای –رییس‌جمهور وقت-، «2» پیام انتقادی امام به آیت‌الله خامنه‌ای درباره خطبه نماز جمعه ایشان پیرامون ولایت فقیه و اختیارت حکومتی فقیه، «3» تاکیدات امام در منشور روحانیت «4» مبنی بر جنگ فقر و غنا و مقابله با اسلام آمریکایی و شواهدی از این دست، مستندات جناح چپ است برای آنکه امام به آنها متمایل‌تر بوده است.
اوج این استنادات هم در قضیه پذیرش انشعاب از سوی امام است. آنها این رای امام را نمودار واضحی از رنجش او از جناح راست و تلاش برای آزادساختن نیروهای چپ می‌دانند. در همه این رویدادهای تاریخی هم جناح چپ از هر گونه تخریب جناح مقابل و معرفی او به عنوان ضد خط امام خودداری نکرد. در قضیه نخست، ماجرای 99نفر را با افشاگری به وجود آوردند، «5» در مساله آیت‌الله خامنه‌ای هم سیل تخریب‌ها را به سوی ایشان روانه کردند و در موارد دیگر هم به همین شکل عمل شد. ناطق نوری، چهره شاخص جامعه روحانیت به یاد می‌آورد که: «علیه ما خیلی تبلیغات سوء شده بود و برچسب اسلام آمریکایی و سرمایه‌داری و طرفدار سرمایه‌دار به جامعه روحانیت چسبانده شد. تحت همین فضای مسموم بود که آقای یزدی را در مهدیه تهران از منبر پایین آوردند و اجازه سخنرانی ندادند؛ نیز سخنرانی بنده را در دانشگاه تهران تعطیل کردند.» «6»
با این حال درباره این تلاشِ مجمع روحانیون برای الصاق تشکیلات و تفکر خود به امام (ره) و اعلام اینکه جناح راست، جناحی متحجر و مخالف با امام بوده است، دو نکته حائز اهمیت است.
نخست اینکه، جناح چپ از بسیاری از رویدادهایی که اتفاقا نشانگر تاییدات امام بر جناح راست می‌باشد، چشم‌پوشی می‌کند. مثلا در همان ماجرای نماز جمعهِ آیت‌الله خامنه‌ای، امام (ره) در نامه ستایش‌آمیز دومی که خطاب به ایشان منتشر کرد، تعابیر بلندی را درباره رییس جمهور وقت به کار برد که برای هیچ شخصیت دیگری به کار نبرده بود و پس از آن هم به کار نبرد. امام در این نامه می‌نویسد: «جنابعالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنای به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید روشنی می‌دهید.» «7»
مورد دیگر، مساله استعفای میرحسین موسوی از نخست‌وزیری در سال 67 بود که با مخالفت امام و جوابیه شدید اللحنی از سوی ایشان همراه شد. امام در پاسخ به نامه استعفای موسوی، که جناح چپ او را دردانه و نخست‌وزیرِ امام معرفی می‌کرد، نوشت: «همه باید به خدا پناه ببریم و در مواقع عصبانیت دست به کارهایی نزنیم که دشمنان اسلام از آن سوء استفاده کنند. مردم ما از این گونه مسائل در طول انقلاب زیاد دیده‌اند. این حرکات هیچ تاثیری در خطوط اصیل و اساسی انقلاب اسلامی ایران نخواهد داشت.» «8» این جوابیه هم نشان می‌دهد که اگرچه امام براساس مصالحی، از حامیان تداوم نخست‌وزیری موسوی بود اما عقد اخوتی با جناح چپ و تفکرات آن نداشته است.
نمونه سوم، ترکیب اعضای شورای بازنگری قانون اساسی است. امام در تعیین اعضای این شورا، به گونه‌ای افراد آن را تنظیم کرد که جناح راست، اکثریت را پیدا کرد. این مساله در شورایی که قرار بود یکی از مهمترین تصمیم‌گیری‌های موثر در تدوین مبانی جمهوری اسلامی را بگیرد، اهمیت فوق‌العاده‌ای پیدا می‌کند. محسن رفیقدوست در این باره روایت می‌کند که «امام در ترکیب هیئت 20نفره، 13نفر –به قول امروزی‌ها- از اصول‌گراها و 7 نفر را هم از مجمع انتخاب کرده بود. بعد گفتند که 5 نفر را هم مجلس انتخاب کند. اگر مجلس هر 5نفر را هم از آن طرفی‌ها انتخاب می‌کرد، باز اکثریت با اصول‌گراها بود. در حالی که مجلس 3نفر اصول‌گرا و 2نفر از آن طرف انتخاب کرد؛ شدند 16 به 9. کاملا مشهود بود که امام با معماری دقیق، بازنگری قانون اساسی را دانسته به اصول‌گراها داد.» «9»
اما روایت چهارمی که مدعاهای جناح چپ را رد می‌کند، خاطرات آیت‌الله مهدوی کنی از ماجراهای انشعاب و وقایع انتخابات مجلس سوم است. جناح چپ با تکیه بر تاییدیه امام بر انشعاب و پیام‌هایی مانند جنگ فقر و غنا، جناح مقابل را آمریکایی می‌خواند تا نظر رای‌دهندگان را به خود جلب کند. آقای مهدوی روایت می‌کند که امام با اصل انشعاب موافقت کرد، اما «فلسفه»بافی‌هایی که در این ایام برای این موافقت، از سوی جناح چپ انجام شد را قبول نداشت: «[امام] اصل انشعاب را تایید فرمودند ولی پس از آنکه فلسفه این جدایی از زبان آقایان [مجمع] ذکر شد، صغرا و کبرایی درست شد که نتیجه آن، برچسب اسلام آمریکایی به جامعه روحانیت بود. آن هم برچسبی با تایید امام.» «10» از این رو، اعضای جامعه، نامه‌ای را آماده می‌کنند و خدمت اما می‌برند با این محتوا که «اگر فلسفه‌ای که آقایان برای انشعاب ذکر کرده‌اند مورد تایید شماست باید با جامعه روحانیت برخورد سلبی داشته باشید... و اگر مورد تایید شما نیست اظهارنظر بفرمایید.» «11» در این دیدار، آقای مهدوی به امام می‌گوید که اگر واقعا ما آمریکایی هستیم پس باید بفرمایید ما را داخل دریاچه ساوه بریزند و درِ جامعه روحانیت را ببندند. به روایت آقای مهدوی، «تا من گفتم اگر ما آمریکایی هستیم پس ما را به دریاچه ساوه بریزید، ایشان سریع سرشان را بلند کردند و گفتند نخیر، من کی چنین حرفی را زدم؟ من چنین حرفی نزدم. من به شماها علاقه دارم!... فرمودند که من به شما علاقه دارم و باید جبران کنم.» «12» با این حال، امام برای تاثیر نگذاشتن بر روند انتخابات مجلس، در آن مقطع اظهار نظری در دلجویی از جامعه روحانیت نکرد. قرار شد که اعضای جامعه نامه‌ای به ایشان بنویسند و امام در جواب آن نامه از آنها دلجویی کند، اما آقای مهدوی از این کار خودداری کرد و معتقد بود که اگر امام صلاح بداند خود پیام می‌دهد.
اما نکته دوم در رد ادعاهای جناح چپ، تناقضات آشکاری است که این مدعاها با مفاد منشور برادری و دیگر پیام‌های امام (ره) دارد. امام صریحا هشدار می‌دادند که مبادا این دو جناح یکدیگر را به انگ‌های گوناگون منتسب کنند. امام در منشور روحانیت می‌نویسد: «اختلاف به هر شکلی کوبنده است. وقتی نیروهای مومن به انقلاب حتی به اسم فقه سنتی و فقه پویا به مرز جبهه‌بندی برسند، آغاز باز شدن راه استفادۀ دشمنان خواهد بود. جبهه‌بندی نهایتاً معارضه پیش می‌آورد. هر جناح برای حذف و طرد طرف مقابل خود واژه و شعاری انتخاب می‌کند، یکی متهم به طرفداری از سرمایه‌داری و دیگری متهم به التقاطی می‌شود.» «13» مشخص است که امام (ره) از انگ زدن جناح‌ها به هم رضایت ندارند. امام (ره)، در منشور برادری هم صریحا تذکر می‌دهد که هر دو جناح پیرو اصول اساسی انقلاب و اسلام‌اند و انگ‌هایی مانند آمریکایی بودن یا حمایت از سرمایه‌داری به آنها نمی‌خورد: «اکثریت قاطع هر دو جریان می‌خواهند کشورشان مستقل باشد، هر دو می‌خواهند سیطره و شرّ زالوصفتان وابسته به دولت و بازار و خیابان را از سر مردم کم کنند. هر دو می‌خواهند کارمندان شریف و کارگران و کشاورزان متدین و کسبه صادق بازار و خیابان، زندگی پاک و سالمی داشته باشند. هر دو می‌خواهند دزدی و ارتشا در دستگاههای دولتی و خصوصی نباشد، هر دو می‌خواهند ایران اسلامی از نظر اقتصادی به صورتی رشد نماید که بازارهای جهان را از آنِ خود کند، هر دو می‌خواهند اوضاع فرهنگی و علمی ایران به گونه‌ای باشد که دانشجویان و محققان از تمام جهان به سوی مراکز تربیتی و علمی و هنری ایران هجوم آورند، هر دو می‌خواهند اسلامْ قدرت بزرگ جهان گردد.» «14»
بنابراین، امام (ره)، ضمن پرهیز از سوگیری به نفع جناح راست یا چپ، معتقد بودند که دو جناح، براساس همان منش و روش رایج در حوزه‌های علمیه که در اصول و فروعِ مسائل، نظرات مختلفی ابراز می‌شود، می‌توانند رویکردهای گوناگونی به مسائل کشور داشته باشند و در این روند، در عین ضرورت حفظ اصول انقلابی و اسلامی، هر دو جناح باید یکدیگر را تقویت و به رسمیت بشناسند و از زدن انگ‌های مختلف به هم خودداری کنند. با این حال، جناح چپ، آغازگر روند تخریب جناحیِ در درون روحانیانِ انقلابی بود؛ روندی که در سالهای بعد از سوی دو جناح تشدید شده است و گسترش اختلافات دو جناح، از سطح سلایق و دیدگاه‌های اجرایی به اختلاف در اصول و مبانی، تحقق اهداف مندرج در منشور برادری را بیش از هر زمانی در هاله‌ای از ابهام و استبعاد قرار داده است.