یکی از خصوصیات بارز مشی سیاسی امام خمینی، قانون‌گرایی و اتکا به آرای مردم بوده است. امام در حرکتی بدیع، بلافاصله پس از پیروزیِ سیاسی_اجتماعی بر رژیم پیشین، دستور به برگزاری رفراندوم جمهوری اسلامی دادند. در حالی که در تجربه انقلاب‌های دیگر، شاهد این نوع رفتار مردم‌گرایانه نبوده‌ایم. امام تمامی مراحل ساخت ساختار سیاسی حکومت را با آرای مردمی پیش بردند. از سوی دیگر پس از تصویب ساختار و قوانین نظام نیز، طیِ طریق بر حسب قوانین جمهوری اسلامی و پیروی از آن برای امام خمینی از اهمیت بالایی برخوردار بود. امام خمینی با قانون شکنان به سختی برخورد می کردند و در هر شرایطی تمکین به قانون را الویت می‌دانستند.
پیوند این دو ویژگی در سیاست ورزی امام، موجب شد تا جمهوری اسلامی در تمام طول رهبری ایشان از مسائل و ابتلائات بسیار سخت ابتدای انقلاب به سلامت عبور کند. مسائلی چون انصراف و خروج بزرگان انقلاب (از رئیس جمهور منتخب گرفته تا قائم مقام رهبری) از ادامه ی مسیر انقلابی کشور و فشارهای متعدد خارجی، می‌تواند هر کشور نوپای انقلابی را در ادامه‌ی مسیر بسیار بی‌ثبات و ضعیف کند؛ اما امام خمینی با پشتوانه‌ی مردمی و رعایت حدود قانونی در تصمیم‌گیری‌های چالش برانگیز و بحرانی، کشور را از التهابات متعدد اوایل انقلاب بیرون کشید.
یکی از جلوه‌های قانون گرایی، تاکید بر شانیت «نهاد»ها و ساختارهای برآمده از خواست و آرای مردمی است. تنها نهادهای سیاسی با پشتوانه‌ی قانون اساسی و آرای عمومی در امر قانون و قانون گذاری مشروعیت دارند. این نهادها هم متولی و هم مجری قانون هستند، و هم تبعیت از آنها الزامی است. از مهم‌ترین نهادهایی که در جمهوری اسلامی تاسیس شد، نهاد شورای نگهبان بود. شورای نگهبان متشکل از شش نفر فقیه و شش نفر حقوق دانِ متعهد است. از مشروطه تا انقلاب اسلامی، ضرورت وجود فقهایی برای تایید شرعی مصوبات مجلس دیده می‌شد. قانون اساسی مشروطه در اصل دوم متمم خود تصریح کرده است که قوانین در نظام سیاسی مشروطه نباید مخالف اسلام باشند؛ هرچند با فاصله گرفتن از مشروطه و در رژِیم پهلوی، این اصل و خیلی از اصول دیگر قانون اساسی نادیده گرفته شد. اما پس از انقلاب اسلامی و به همّت بزرگانی چون شهید بهشتی در مجلس خبرگان تدوین قانون اساسی، این اصل نظارتی به شکلی پیشرفته، جامع و کامل‌تر و در قالب نهادی مترقی به نام «شورای نگهبان» به یکی از اصول اساسی نظام سیاسی جمهوری اسلامی تبدیل شد. امام خمینی نیز همواره از اهمیت و مزیت این اصل و نهاد در سلامت یک نظام سیاسی با دغدغه‌های دینی و مردم سالارانه سخن می‌گفت.
به همین جهت و به موجب اصل نود و یکم قانون اساسی، ۳۰ بهمن ۱۳۵۸ حضرت امام خمینی(ره) طی حکمی که توسط حجت‌الاسلام سیداحمد خمینی اعلام گردید، فقهای شورای نگهبان قانون اساسی را برگزیدند. حجت‌الاسلام سیداحمد خمینی با اعلام این خبر، عنوان داشت: «افراد تعیین شده به جز آقای محمدرضا مهدوی کنی که از مجتهدین تهران هستند همگی از مدرسین مجتهد حوزه علمیه قم می‌باشند و بر قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی نظارت خواهند کرد، تا این قوانین هیچگونه مخالفتی با اسلام نداشته باشد. «۱»
همان طور که اشاره شد، پیروی از قوانین و تصمیمات شورای نگهبان برای رهبر انقلاب از اهمیت بالایی برخوردار بود. به همین دلیل است که شورای نگهبان، که در نظر عموم و رسانه‌ها جلوه‌گاه اصلی تصمیمات قانونی‌اش در انتخابات های ادواری جمهوری اسلامی است؛ در تمامی انتخابات‌ها مورد هجمه‌ی مخالفین و معاندین جمهوری اسلامی قرار گرفته است. برای نمونه در انتخابات دور دوم مجلس شورای اسلامی، افرادی با نظر شورای نگهبان در باب ابطال یا تایید بعضی از حوزه‌ها موافق نبودند. آنها پس از این ماجرا دست به پخش اعلامیه و خطابه در مطبوعات و محافل متعدد زدند. عده‌ای از نمایندگان هم علیه شورای نگهبان نامه ای به امام نوشتند و شورای نگهبان را متهم به عدم رعایت بی‌طرفی در امر نظارت بر انتخابات کردند. با گسترش این مخالفت‌ها، امام خمینی در پیامی در 25 اردیبهشت ماه 1363، جایگاه رفیع شورای نگهبان و خطر تضعیف آن را گوشزد نمود و احترام به آنان و حفظ مقام‌شان را لازم دانست. ایشان تضعیف و توهین به فقهای شورای نگهبان را امری خطرناک و انحرافی بزرگ قلمداد کرد، چنان که در صدر مشروطیت در دوره‌ی اول با فقهای ناظر به قوانین به این نحو عمل شده بود.
نکته قابل توجه آنست که پس از انتخابات و با وجود حمایت‌های قاطع امام از این نهاد استراتژیک، مخالفین فشار و تهمت های بیشتری را به این نهاد و افراد حاضر در این شورا وارد کردند. فشارها تا جتیی افزایش یافت که امام خمینی در سخنرانی دیگری با قاطعیت بیشتری به حمایت از شورای نگهبان پرداختند. امام معتقد است هدف دشمنان از این هجمه‌ها چیزی فراتر از هجمه به افراد حاضر در این شوراست و هدف تضعیف نهادها و الگوی مردم سالاری نظام جمهوری اسلامی است، که دشمن با برنامه ریزی دقیق خود میخواهد با کنار راندن شورای نگهبان مسیر دیکتاتوری وابسته خود را هموار سازد: «من به این آقایان هشدار می‌دهم که تضعیف و توهین به فقهای شورای نگهبان امری خطرناک برای کشور و اسلام است. همیشه انحرافات به تدریج در یک رژیم وارد می شود و در آخر، رژیمی را ساقط می‌نماید. لازم است همه به طور اکید به مصالح اسلام و مسلمین توجه کنیم و به قوانین، هر چند مخالف نظر و سلیقه شخصی مان باشد احترام بگذاریم و به این جمهوری نوپا که مورد هجوم قدرت‌ها و ابرقدرت‌هاست وفادار باشیم.» «۳»
با ادامه پیدا کردن فشارها و تهمت‌ها برای دلسرد کردن مردم از نظام اسلامی و انتخابات های تحت نظر شورای نگهبان، امام خمینی در سخنرانی خود به صورت قاطع مخالفین شورای نگهبان را مفسد فی الارض معرفی کردند و میان نقد و تخریب تفاوت قائل شدند: «مجلس اگر رای داد و شورای نگهبان هم آن رای را پذیرفت، هیچ کس حق ندارد یک کلمه راجع به این بگوید. من نمی گویم رای خودش را نگوید؛ بگوید؛ رای خودش را بگوید؛ اما اگر بخواهد فساد کند، به مردم بگوید که این شورای نگهبان کذا و این مجلس کذا، این فساد است، و مفسد است یک همچو آدمی، تحت تعقیب مفسد فی الارض باید قرار بگیرد.» «۴»
نهاد شورای نگهبان، با وجود این چالش‌ها و فشارها، به نهادی حساسیت برانگیز و یکی از نقاط استراتژیک نظام جمهوری اسلامی تبدیل شد. مخالفان خارجی جمهوری اسلامی همواره با کمک ساده‌اندیشی و یا خیانت برخی افراد داخلی، به این نهاد که ضامن رعایت حدود اسلامی در قانون و در سطحی دیگر ضامن ثبات و البته پویایی نطام دینی است هجمه وارد کرده‌اند تا کشور را از مسیر قانون و انتخابات خارج کنند. در پایان بخشی از مهم ترین سخنان آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب را در دیدار با مردم آذربایجان که در رابطه با نقش شورای نگهبان در نظام جمهوری اسلامی و علت تخریب های صورت گرفته علیه این نهاد انقلابی مرور می‌کنیم که به شکلی روشن مسئله را باز کرده‌اند: «یکی از کارهایی که آنها امروز بجد دنبال میکنند این است که شورای نگهبان را تخریب کنند؛ تخریب شورای نگهبان معنا دارد. آمریکایی‌ها از اوّل انقلاب با چند نقطه‌ی اساسی در کشور و در نظام جمهوری اسلامی بشدّت مخالف بودند که یکی‌اش شورای نگهبان بود؛ سعی کردند، تلاش کردند و از بعضی افراد داخلی غافل و بی‌توجّه هم سوءاستفاده کردند بلکه بتوانند بساط شورای نگهبان را جمع کنند -البتّه نتوانستند و نمیتوانند- حالا درصددند تصمیم‌های شورای نگهبان را زیر سوال ببرند. معنای این کار چیست؟ وقتی تصمیم‌های شورای نگهبان زیر سوال رفت و ادّعا شد که اینها غیر قانونی است، معنایش چیست؟ معنایش این است که انتخاباتی که پیش رو است، غیر قانونی است؛ وقتی انتخابات غیر قانونی شد، برخلاف قانون شد، نتیجه‌اش چیست؟ نتیجه‌اش این است مجلسی که بر اساس این انتخابات تشکیل خواهد شد، غیر قانونی است؛ معنای غیر قانونی بودن مجلس این است که در طول چهار سال هر قانونی که در این مجلس بگذرد، اعتبار ندارد و بی‌اعتبار است؛ یعنی کشور را چهار سال در خلا مجلس و خلا قانون نگه داشتن؛ معنای تخریب شورای نگهبان این است و دشمن این را میخواهد. البتّه آن‌کسانی که با دشمن در داخل هم‌صدایی میکنند، بیشترشان ملتفت نیستند چه کار میکنند. من متّهم نمیکنم کسی را به خیانت؛ ملتفت نیستند، توجّه ندارند امّا واقع قضیّه این است. تخریب شورای نگهبان، اینکه شورای نگهبان را ما زیر سوال ببریم و بگوییم که تصمیم‌گیری‌هایشان برخلاف قانون بوده است، تخریب شورای نگهبان نیست، تخریب انتخابات است، تخریب مجلس است، تخریب چهار سال قانون‌گذاری در مجلس است؛ دنبال این هستند.» «۵»