وقتی حضرت امام خمینی به ترکیه تبعید گردید، شهید آیه الله سید محمد باقر صدر، که به قیام ایران به رهبری آن بزرگوار امیدوار بود، اندوهگین شد، در سال 1344 در نامه ای به یکی از دوستان خود نوشت: «اما در مورد ایران وضع هم چنان است که بود و آقای خمینی از سوی مزدوران امریکا در ایران، به ترکیه تبعید شده است، این بار آقای خمینی توانست دهان شاه را ببندد که همواره جنبش مخالف خود را در ایران به ارتجاع و عقب ماندگی متهم کند و در تاریخ نهم جمادی الثانی 1385 ه . ق که امام به نجف آمد، آیه الله صدر با اشتیاق تمام به همراه علمای دیگر در مراسم استقبال و پیشواز از امام شرکت و شاگردان و هم فکرانش را نیز به این مراسم دعوت کرد و عظمت معنوی امام را برایشان بیان کرد و در طول چهارده سال اقامت رهبر کبیر انقلاب در نجف با او ارتباط نزدیکی داشت و به وی عشق می ورزید .» (1)
هنگامی که امام در پاریس اقامت داشت، ضمن تجلیل از قیام پرشکوه امت مسلمان ایران به رهبری ایشان آمادگی خود را برای هرگونه همکاری اعلام کرد و پیامی خطاب به شاگردان و علاقه مندان خود در ایران فرستاد و در آن خاطر نشان ساخت هم چنان از فداکاری در راه پیروزی انقلاب اسلامی ایران دریغ نورزند، در این پیام آمده است: در وجود امام خمینی ذوب شوید . همان گونه که او در اهداف الهی و اسلامی خود ذوب گردید .» (2) او در سخنی دیگر اظهار داشته است: «امام خمینی در طرح شعار جمهوری اسلامی تجلی گر تداوم دعوت انبیاء و استمرار حضور حضرت محمد (ص) و علی (ع) در برپایی حکومت الهی در زمین بوده است، مرجعیت امام خمینی امروزه امیدهای اسلام را در ایران تجسم بخشیده است .»