یکی از امور مهمی که مورد توجه بزرگان و علمای حوزه علمیه قم بوده است، لکن عمل مثبتی درباره آن انجام نگرفته، ایجاد نظم و انضباط در حوزه‌هاست، که لازم است از حوزه علمیه قم شروع شود و به طور جدی و اساسی عمل شود. البته این امر برای حفظ حوزه‌ها از ورود عناصر منحرف از حیث عقاید و اخلاق و اعمال از اهم وظایف شرعی است، که به عهده همه خصوصاً فضلا و علما و مدرسین می‌باشد؛ و با همکاری جدی همگان و با تایید مراجع معظّم می‌تواند جامه عمل پوشد. در این زمان که حوزه‌های علمیه و روحانیون معظّم در پیشبرد مقاصد اسلام و تحکیم جمهوری اسلامی نقش بسیار موثری دارند، شک نیست که قدرتمندان و قدرت طلبان بی‌کار ننشسته‌اند، بلکه در تلاشند تا این قدرت فعال را تضعیف کنند. و این امر برای آنان میسر نیست مگر با رخنه کردن عناصر فاسد در حوزه‌ها، که از داخل موجبات تباهی و از کار افتادن این پدیده الهی را فراهم آورده، و خدای نخواسته به تدریج و در دراز مدت ملت را از آنها مایوس و روی گردان کنند. و همه می‌دانیم که اگر خدای نخواسته حوزه‌ها از عهده تربیت فقها و علما و خطبای موجه و مورد علاقه مردم برنیایند و به طور هرج و مرج و بدون برنامه صحیح و ضابطه اسلامی عقلایی حوزه‌ها اداره شوند، باید همه منتظر فاجعه شکست جمهوری اسلامی و اسلام بزرگ باشیم. و اگر اکنون با همت همگان از سرچشمه فساد جلوگیری نشود، فردا و فرداها دیر است، و بسا باشد که به جایی رسد که از قدرت همه خارج شود و مقایسه امروز حوزه‌ها با قبل از انقلاب، که روحانیون از سیاست و نظر در امور کشور به واسطه تبلیغات و فشارها و کج‌فهمی‌ها منعزل و برکنار بودند، بسیار نابجا و غلط است. گرچه ممکن است بعضی کج فهم‌ها با این امر حیاتی مخالف باشند و با تز «نظم در بی‌نظمی است» با توهّمات شیطانی دست به گریبان باشند، لکن اینان در اقلیت هستند؛ و قشرهای عظیم روحانیون متفکر و متوجه به مسائل و پیشامدها در این فکر هستند. و بالاخره همان طور که پاکسازی و تصفیه در همه ارگان‌های دولتی و کشوری و لشکری لازم است، در حوزه‌ها و دانشگاه‌ها، که همگام با حوزه‌ها هستند و هر دو از ویژگی خاصی برخوردارند، تصفیه و پاکسازی مهمتر است. و با تصفیه این دو پایگاه اسلامی و ملی، محتوای جمهوری اسلامی به رشد و ترقی خود ادامه خواهد داد. و با انحراف این دو، انقلاب و جمهوری از مسیر اصلی خود منحرف خواهد شد.