«...ای خیل عظیم ملت ایران، ای ملت قهرمان، به خدا قسم درمیان شما هزاران رجایی و باهنر هست. به خدا قسم درمیان شما جوانان، درمیان شما مردان، درمیان شما زنان، هزاران عنصر وجود دارد که با آمریکا ستیزه خواهد کرد. ای ملت دلیر، مایوس نشوید. ای جوان‌ها و ای بچه‌های عزیز، ای برادران، ای خواهران، ای رجایی‌ها، ای باهنرها، ای بهشتی‌ها، خود را بسازید...»
صدای بغض‌آلود و پرطنینی که درتشییع محمدعلی رجایی و محمدجواد باهنر و در برابر مجلس، این پیام را به گوش مردم عزادار می‌رساند، برای مخاطبان صدایی آشنا وخاطره‌انگیز است. صدای آیت‌الله سیدعلی خامنه ای که در هر جمعه دردانشگاه تهران، وحدت، مقاومت و ایثار را خروشیده است. اهالی صبر و نماز در آدینه‌های دانشگاه، چندی است که صدای امام جمعه محبوب خویش را نشنیده‌اند، چه اینکه او در ظهرگاه خونین مسجد ابوذز تهران در ششم تیرماه همان سال، بر سال‌ها جهاد و حق‌طلبی خویش، مهر جانبازی نهاده است. حالا او پس از حدود یک ماه و اندی از واقعه ترور، برای وداع با دوستان دیرین خویش به میان مردمی آمده که مدت هاست؛ دیدارش را مشتاقند. او همچنان از آثار جراحت ترور رنج می‌برد، خود بعدها در خاطراتش گفت که:«پس از سخنرانی در مراسم تشییع رجایی و باهنر، ازحال رفتم و پزشکان به کمکم آمدند».
با شهادت رجایی و باهنر، افراد زیادی با امام خمینی دیدار می‌کنند که از بنای خویش مبنی بر منع روحانیت از احراز ریاست جمهوری صرف نظر کند. افراد زیادی دراین باره با امام صحبت می‌کنند که آیت الله ابوالقاسم خزعلی در زمره آنهاست. امام اما، به لحاظ شرایط زمان و نیز اصل مشورت‌پذیری، با کاندیداتوری روحانیون موافقت می‌کند.از سوی دیگر آنکه به رغم نقاهت وشرایط نامساعد جسمی، مورد اقبال خواص وعوام جامعه قرار دارد، صاحب همان صدای پرخروش و نیز نماز دل انگیز جمعه‌هاست. همان که چندی قبل و درپی ترور، از سوی امام ، اینگونه مورد توصیف قرار گرفته است:
«اینان با سو قصد به شما عواطف میلیون‌ها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحه‌‌دار نمودند. اینان آنقدر از بینش سیاسی بی‌‌نصیبند که بی‌‌درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایات دست زدند، و به کسی سو قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌‌انداز است. اینان در این عمل غیرانسانی به جای برانگیختن و رعب، عزم میلیون‌ها مسلمان را مصمم‌‌تر و صفوف آنان را فشرده‌‌تر نمودند ... ما در پیشگاه خداوند متعال و ولی بر حق او حضرت بقیه‌اللّه ـ ارواحنا فداه ـ افتخار می‌کنیم به سربازانی در جبهه و در پشت جبهه که شب‌ها را در محراب عبادت و روزها را در مجاهدت در راه حق تعالی به سر می‌‌برند. من به شما خامنهای عزیز، تبریک می‌گویم که در جبهه‌‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده، و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم». «۱»
آیت الله خامنهای به رغم آنکه به دلیل شرایط جسمی، کاندیداتوری را با اکراه می‌پذیرد، اما این حضور با موجی از حمایت از سوی عناصر و جریانات گوناگون سیاسی جامعه روبه رو می‌شود. این جانبداری‌های گسترده در مطبوعات آن روز، به ویژه روزنامه جمهوری اسلامی، جلوه‌های نمایان دارد. این شور و انگیزه عمومی با پیام امام خمینی در دعوت از مردم برای شرکت در انتخاب سومین رئیس جمهور، دوچندان می‌شود:
«اکنون که با از دست دادن سربازی گرانقدر و رئیس‌جمهوری خدمتگزار و متعهد چون شهید رجایی‌ـ که خدایش رحمت فرماید‌ـ برای تعیین رئیس جمهور به پای صندوق‌های رای خواهیم رفت، لازم است ملت عزیز، رشد و استقامت و پایداری خود را در پیشگاه خالق و صاحب اسلام و در نزد جهانیان و در پیش چشمان حیرت زده دشمنان و بدخواهان اسلام که شما را با تهمت‌های گوناگون هدف قرار داده و وفاداری شما عزیزان متعهد به جمهوری اسلامی را مورد سئوال و تردید انگاشته‌اند، ثابت و با شور هر چه بیشتر، یکپارچه در این امری که حفظ حیثیت جمهوری اسلامی و ملت شریف بسته به آن است به سوی صندوق‌های رای چون موجی خروشان و دریایی مواج، با صفوفی فشرده رفته رای خود را به شخصی که متعهد به اسلام و خدمتگزار به ملت و کشور و حامی مستضعفان و دارای بصیرت در امر دین و دنیا و منزّه از گرایش به شرق و غرب و مکتب‌های انحرافی و دارای دید سیاسی است، بدهید. امروز شرکت در انتخابات ریاست جمهور نه فقط یک وظیفه اجتماعی و ملی بر‌قرار و کشور را تا ابد مورد چپاول قدرتمندان خصوصاً امریکا قرار دهند». «2»
سرانجام روز موعود یعنی یازدهم مهر ماه 1360 فرارسید و خیل ملت مشتاق به سوی صندوق‌های رای روانه شدند. رای« 95 درصدی» شرکت کنندگان که عدد «16 میلیون نفر» را رقم زد، هنوز درتاریخ جمهوری اسلامی و برای هیچیک از روسای جمهور تکرار نشده است. این در شرایطی بود که تا آن دوره، ابوالحسن بنی‌صدر در تبلیغات برون‌مرزی خویش، مدام رای 11 میلیونی خود در انتخابات ریاست جمهوری اول را بزرگ‌نمایی می‌کرد و البته شرایط و بسترهای حصول آن را مسکوت می‌گذارد!
شاید بتوان بهترین توصیف از انتخاب و منتخب ملت در این دوره از انتخابات ریاست جمهوری را، درحکم امام خمینی برای ریاست جمهوری آیت الله خامنهای سراغ گرفت:
«خداوند متعال بر ما منت نهاد که افکار عمومی را برای انتخاب رئیس جمهوری متعهد و مبارز، در خط مستقیم اسلام و عالم به دین و سیاست هدایت فرمود که امید است با حُسن تدبیر و کمک قوای سه‌گانه و پشتیبانی ملت بزرگ، مشکلات یکی پس از دیگری رفع و احکام مقدس اسلام به طور دلخواه در سطح کشور اجرا گردد. اینجانب به پیروی از ملت عظیم‌الشان و با اطلاع از مقام و مرتبت متفکر و دانشمند محترم جناب حجت‌الاسلام آقای سید علی خامنه‌ای‌ـ ایده‌الله‌تعالی‌ـ رای ملت را تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب نمودم. و رای ملت مسلمان متعهد و تنفیذ آن محدود است به اینکه ایشان به همان نحو که تاکنون خدمتگزار اسلام و ملت و طرفدار قشر مستضعف، و به حکم قرآن کریم اَشِدّاءُ عَلَی الْکُفّارِ رُحَماءُ بَیْنَهُمْ بوده‌اند از این پس نیز به همان تعهد باقی باشند و از طریق مستقیم انسانیت و اسلام انحراف ننمایند، که ان‌شاءالله نمی‌نمایند». «3»