«اتحاد بزرگ تمام نیروهای اسلامی عراق برای برای سرنگونی رژیم بعث»؛ این تیتر را روزنامه جمهوری اسلامی از سخنان سیدمحمدباقر حکیم، دبیر جامعه روحانیت مبارز عراق و سخنگوی مجلس اعلا، در نشست اعلام موجودیت مجلس اعلای عراق برگزید. نشست مطبوعاتی حجت‌الاسلام حکیم در روز 26 آبان‌ماه 1361 در تهران برگزار شده بود و اهداف و خط مشی مجلس تشریح گردید. «1» تاسیس مجلس اعلی به دنبال گفتگوهای مفصل و رایزنی‌های فراوان نخبگان معارض در صحنه سیاسی عراق صورت گرفت که جملگی در پی یافتن راه‌حلی بودند تا از بن‌بست سیاسی موجود بر نحوه رویارویی با رژیم بعث عراق خارج شوند و به نظر مشترکی برسند.
بنیانگذاران مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق در ابتدا متشکل از حدود هفده نفر بودند که برخی از آنان نمایندگی جریان و گرایش خاصی در طیف معارض عراقی را عهده‌دار بودند. با این حال مجلس اعلا در مقطع اولیه حیات خود حاضر به افشای نام اعضای خود نبود و آنان به صورت مخفی به کار خود ادامه می‌دادند. البته تصمیم گرفته شد برای مجلس یک سخنگوی رسمی برگزیده شود تا منعکس‌کننده مواضع مجلس در کنفرانس‌های مطبوعاتی باشد و سیدمحمدباقر حکیم مسئولیت سخنگویی را بر عهده گرفت. برای حدود دو و نیم سال آیت‌الله سیدمحمود هاشمی شاهرودی عهده‌دار ریاست مجلس اعلا بود و شمار اعضای مجلس به سی‌وسه نفر افزایش یافت. پس از او بود که اعضای مجلس، سیدمحمدباقر حکیم را به ریاست مجلس برگزیدند و از این زمان، حکیم حدود نوزده سال رئیس مجلس اعلای عراق بود. تعداد نمایندگان مجلس به هشتاد تن رسید و مجمع عمومی در چارت عمومی تشکیلات شکل گرفت. «2»
مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از هم‌افزایی گروه‌های مختلف عراقی که با رژیم بعث در ستیز بودند شکل گرفته بود. حزب الدعوه اسلامی و سازمان عمل اسلامی به رهبری آیت‌الله سیدمحمدتقی مدرسی دو گروه برجسته‌ای بودند که نمایندگانشان در مجلس حضور داشتند. با این حال، همه مانند هم فکر نمی‌کردند و نقطه مشترکشان ضدیت با رژیم صدام حسین بود. به عنوان مثال، حزب الدعوه اسلامی که متاثر از شهید سیدمحمدباقر صدر بود اعتقاد داشت که اداره دولت باید در دست امت باشد؛ در مقابل اما اندیشه مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از دیدگاه‌های امام خمینی تاثیر می‌گرفت و معتقد بود اداره دولت اسلامی وظیفه علما است.
کمتر از یک سال بعد، در روز 29 شهریورماه 1362 اعضای مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق به دیدار امام خمینی در جماران شتافتند. امام خمینی در ابتدای بیانات خود، توصیه‌هایی به این مجاهدان عراقی عرضه داشتند که نمونه‌هایش را پیشتر بارها به مسئولان ایرانی خاطر نشان کرده بودند: «آنچه که خود شما میدانید ولی باز هم باید تذکر داد، این است که مجلس اعلا که از مجاهدین عراقی تشکیل شده است باید سعی کند که تمام کارها را برای خدا انجام دهد و جهات اسلامی و دینی را کاملًا ملاحظه نماید. شما باید سعی کنید تا تمام توجهتان به خدای متعال باشد. باطن ذات انسان محفوف [پیچیده] است به چیزهایی که تمام هدایتها و انحرافات از آن سرچشمه میگیرد. باید توجه داشته باشید که در سر هم هواهای نفسانی بر شما غلبه نکند، یعنی در سرتان هوای اینکه ما غلبه کنیم و حکومت کنیم نباشد، بلکه در نظرتان این باشد که حکومت اسلامی تشکیل دهیم و احکام خدا را جاری سازیم. حضرت امیر علیه‌السلام در راس زهاد بود و حکومت میکرد، ولی حکومت برای خودش نبود، بلکه هرچه کوشش میکرد برای اسلام بود. شما مجاهده کنید تا هرچه در دل دارید زدوده شود، که اگر برای خدا خالص شدید در پیروزیتان موثر است. باید اتکایتان فقط به خدا باشد و این نمیشود مگر اینکه از نفسانیات بکاهید منشا اختلافات از هوای نفس است». امام سپس اعضای مجلس اعلا را از اختلافاتی که از هوای نفس برخاسته شده بر حذر داشتند و هشدار دادند که اگر کارهایشان از الوهیت سرچشمه نگیرد و از وحدت اسلامی بیرون بروند، سرافکنده خواهند شد.
امام سپس به تشریح وضعیت عراق و جایگاه مجلس اعلا پرداختند و آن را با رژیم ایران پیش از پیروزی انقلاب مقایسه کردند؛ چراکه هم رژیم محمدرضاشاه و هم رژیم صدام حسین مسلح به ساز و برگ جنگی بی‌شماری بود و در مقابل، گروه انقلابی مخالف رژیم هیچ تجهیزاتی نداشتند و باید به قوای معنوی تکیه می‌کردند. ایشان پس از مروری گذرا از مبارزات نهضت اسلامی پیش از انقلاب در مقابل رژیم تمام‌مسلح شاه، به اوضاع عراق پرداختند و در یک پیش‌بینی تاریخی، سقوط صدام حسین را حتمی دانستند: «امروز در مقابل شما چه درندگانی واقع شدهاند! وقتی انسان میبیند که شهید آقای صدر [شهید سیدمحمدباقر صدر] آن عالم فاضل را و همچنین همشیره ایشان [سیده بنت‌الهدی] را با چه وضعی شهید کردند و بعد هم با بیت مرحوم آقای حکیم [آیت‌الله سیدمحسن حکیم] که آن قدر خدمت کردند و با آقای آقا یوسف حکیم که وقتی انسان ایشان را میدید به یاد قیامت میافتاد، آنگونه رفتار نمودند و نود نفر از بیت مرحوم حکیم را گرفتند، شدیداً متاثر شده و میفهمد که اینها چه سبعهایی هستند. من میدانم که مردم عراق از این جهت منزجر هستند. آخر کدام انسانی است که این فشارها را ببیند و متاثر نشود. امیدوارم کارها به زودی درست شود. قدرتها گمان کردند میتوانند که آنها را نگه دارند. در رژیم سابق هم چه امریکا و چه شوروی، چه فرانسه و سایر قدرتها میخواستند شاه را نگاه دارند، و عدهای هم از ایران آمدند در فرانسه که بگذارید شاه باشد و سلطنت کند نه حکومت، ولی نشد، او رفت. حالا هم تمام قدرتها میخواهند صدام را نگه دارند، ولی نمیشود.» «3»