نیمه دوم سال 1366 نامه مهمی با خطاب «محضر مقدس رهبر عظیمالشان، حضرت آیتاللهالعظمی امام خمینی» صادر شد که موضوع آن اختلافات پیشآمده در میان طبقه مدیران و مسئولان نظام بر سر قانونگذاری بود. یک سوی این اختلافات نمایندگان مجلس شورای اسلامی بودند که اکثریتش از آن جناح چپ بود و بیش از آن که در تصویب لوایح و طرحها جنبه فقهی و حقوقی را در نظر بگیرند، از دل تحولات سیاسی و اجتماعی برخاسته بودند. در سوی دیگر شورای نگهبان قرار داشت که از فقهایی شکل میگرفت که اولویتهایشان دغدغههای فقهی و حقوقی بود و در تایید قوانین، نسبت به پاسداری از حریم فقه اسلامی حساسیت داشتند.
این اختلافات اگرچه از مدتها پیش رخ نشان داده بود، ولی در سالهای 1365 و 1366 به اوج خود رسید. کار به جایی رسید که در فاصلهای در حدود بیست ماه، شورای نگهبان حداقل بیست طرح و لایحه مجلس شورای اسلامی را مغایر موازین شرع یا قانون اساسی تشخیص داد و آنها را رد کرد. قانون شوراهای اسلامی، لایحه اصلاح قانون هیاتهای رسیدگی به تخلفات اداری، لایحه نظام پزشکی، لایجه بازسازی کانون وکلا، قانون تعزیرات، قانون نحوه اجرای اصل 90 قانون اساسی، لایجه تشکیل دادگاههای سیار، طرح فروش خدمات کامپیوتری، طرح قانون محاسبات عمومی کشور، طرح تشدید مجازات محتکران و گرانفروشان، لایحه اراضی شهری، لایحه وصول مالیات مقطوع، طرح مسئولیت قوه قضاییه در مقابل مجلس، لایحه تجدید نظر احکام دادگاهها و طرح الزام دولت جهت ارائه لایحه و تضمین خرید محصولات اساسی کشاورزی، شماری از این طرحها و لوایح بود که در طول سالهای 1365 و 1366 رد شدند. یکی از قوانینی که بیش از همه، اختلاف نظر دو نهاد را برانگیخت، قانون کار بود که چندین بار راه رفت و برگشت میان مجلس و شورای نگهبان را سپری کرد، بدون آن که هیچ یک از طرفین قانع شوند.
برای رفع این رفت و برگشت مکرر میان مجلس و شورای نگهبان بود که این نامه مهم در سال 1366 به محضر امام خمینی ارسال شد. این نامه به امضای پنج تن از مسئولان کشور بود؛ آقایان سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی، سیدعلی خامنهای، سیداحمد خمینی، میرحسین موسوی و اکبر هاشمی رفسنجانی. آنها در قسمتی از نامه خود، به تشریح این مشکل کهنه پرداختند و از امام تقاضای راه برونرفت را داشتند: «در حال حاضر لوایح قانونی ابتدا در وزارتخانههای مربوط، و سپس در کمیسیون مربوط در دولت، و سپس در جلسه هیات دولت مورد شور قرار میگیرد و پس از تصویب در مجلس، معمولا دو شور در کمیسیونهای تخصصی دارد که با حضور کارشناسان دولت و بررسی نظرات متخصصان که معمولا پس از اعلام و انتشار به کمیسیونها میرسد، انجام میشود. و معمولا یک لایحه در چند کمیسیون، به تناسب مطالب، مورد بررسی قرار میگیرد. و دو شور هم در جلسه علنی دارد که همه نمایندگان و وزرا یا معاونان وزارتخانههای مربوط در آن شرکت میکنند، و به تناسب تخصصها اظهار نظر میکنند و پیشنهاد اصلاحی میدهند. و اگر کار به صورت طرح شروع شود، گرچه ابتدا کارشناسی دولت را همراه ندارد، ولی در کمیسیونها و جلسه عمومی، همانند لوایح، کارشناسان مربوط نظرات خود را مطرح میکنند. پس از تصویب نهایی، شورای نگهبان هم نظرات خود را در قالب احکام شرعی یا قانون اساسی اعلام میدارد که در مواردی مجلس نظر آنها را تامین مینماید و در مواردی از نظر مجلس قابل تامین نیست، که در این صورت مجلس و شورای نگهبان نمیتوانند توافق کنند. و همین جاست که نیاز به دخالت ولایت فقیه و تشخیص موضوع حکم حکومتی پیش میآید. گرچه موارد فراوانی از این نمونهها در حقیقت اختلاف ناشی از نظرات کارشناسان است که موضوع احکام اسلام یا کلیات قوانین اساسی را خلق میکند. اطلاع یافتهایم که جنابعالی درصدد تعیین مرجعی هستید که در صورت حل نشدن اختلاف مجلس و شورای نگهبان، از نظر شرع مقدس یا قانون اساسی یا تشخیص مصلحت نظام و جامعه حکم حکومتی را بیان نماید. در صورتی که در این خصوص به تصمیم رسیده باشید، با توجه به اینکه هماکنون موارد متعددی از مسائل مهم جامعه بلاتکلیف مانده، سرعت عمل مطلوب است.» «1»
پاسخ امام خمینی به این نامه، نوید تولد یک نهاد حقوقی را میداد: مجمع تشخیص مصلحت نظام. امام خمینی در این نامه که تاریخ آن 17 بهمنماه 1366 درج شده، بیان داشتند که اگر در تصویب قوانین، توافقی میان مجلس و شورای نگهبان حاصل نشد، مجمعی با ترکیب مشخص وظیفه بررسی موضوع را دارد و سرانجام «پس از مشورتهای لازم، رای اکثریتِ اعضای حاضرِ این مجمع مورد عمل قرار گیرد.» امام خمینی سپس ترکیب اولیه مجمع تشخیص مصلحت نظام را «فقهای محترم شورای نگهبان و حضرات حجج اسلام خامنهای، هاشمی، اردبیلی، [محمدرضا] توسلی، موسوی خوئینیها، و جناب آقای میرحسین موسوی، و وزیر مربوط» معرفی کردند و البته «در صورت لزوم از کارشناسان دیگری هم دعوت به عمل آید.» «2»
امام خمینی سپس تذکر مهمی به نهاد نوپای جمهوری اسلامی دادند؛ این که در میانه تصمیمگیریهایشان، مصلحت نظام اسلامی را در نظر بگیرند تا «موجبات شکست اسلام عزیز» فراهم نشود. «حضرات آقایان توجه داشته باشند که مصلحت نظام از امور مهمهای است که گاهی غفلت از آن موجب شکست اسلام عزیز میگردد. امروز جهان اسلام نظام جمهوری اسلامی ایران را تابلوی تمامنمای حل معضلات خویش میدانند. مصلحت نظام و مردم از امور مهمهای است که مقاومت در مقابل آن ممکن است اسلام پابرهنگان زمین را در زمانهای دور و نزدیک زیر سوال برد و اسلام امریکایی مستکبرین و متکبرین را با پشتوانه میلیاردها دلار توسط ایادی داخل و خارج آنان پیروز گرداند.» «3»