اسفند 57، کمتر از یک ماه از بازگشت امام خمینی (ره) به ایران گذشته بود. مرجع تقلیدِ محبوب مردم ایران، حالا در کسوت هدایتگر یک انقلابِ غافلگیرکننده و باورنکردنی، موردِ رجوع همگان بود تا سرنوشت آینده کشور را تعیین کند. امام پس از آنکه مقدمات پیروزی نهایی انقلاب را تدارک دید و دولت موقت انقلاب، رسما تشکیل شد، تصمیم گرفت که به شهر قم، همان شهری که پانزده سال پیش از همانجا تبعید شده بود بازگردد. قم، و فیضیه، خاستگاه انقلاب بود؛ هم از نظر تاریخی که با پانزدهم خرداد، حرکت عملیِ انقلاب را آغاز کرد و هم از نظر تئوریک، که مهد ایدئولوژی سیاسی انقلاب در بستر معارف اسلامی حوزه‌ها بود. امام، در ابتدا نزدیک به یک هفته در یکی از حجرههای مجاور کتابخانه مدرسه فیضیه ساکن شد و در همان جا بخشی از دیدارها و سخنرانیهای تاریخی خود را انجام داد. منزل قدیمی خود امام، به دلیل باریک بودن معابر منتهی به منزل، محل مناسبی برای پذیرایی از آن همه ملاقاتها و دیداراهای عمومی نبود. با صلاحدید یاران، منزل آیت‌الله شیخ محمد یزدی در جنوب شرقی پل حجتیه قم، که در همسایگی منزل شیخ شهاب‌الدین اشراقی، داماد امام قرار داشت، برای اقامت طولانی‌تر امام برگزیده شد. خانه‌ای که علاوه بر دیدارهای سیاسی، پشت بامی داشت که امکان دیدار امام با اقشار ملت را فراهم می‌کرد.
اما علت سفر امام به قم و اقامت در آن شهر چه بود؟ امام، چرا تهران را که مرکز جوش و خروش و پایتخت سیاسی کشور بود ترک کرد تا در شهر قم سکونت کند؟ برخی معتقدند که این اقدام، اساسا نشانگر بی‌اعتنایی امام به دخالت در حکومت بوده است. آنها معتقدند که «امام خمینی، بنای حکومت کردن را نداشتند و حتی یک مرحله می‌خواهم بروم جلوتر، می‌خواهم بگویم که بعد از دوازده فروردین سال 58، یعنی وقتی که رفراندوم انجام شد، ایشان تهران را ترک کردند و رفتند به قم. یعنی علی رغم اصرار زیادی که مرحوم مهندس بازرگان، دولت موقت و دیگران به ایشان داشتند که شما در تهران بمانید. به نظر شما اگر امام واقعا می‌خواستند حکومت کنند، اینقدر عقلشان نمی‌رسید که من باید در تهران بمانم، مرکز و دارالخلافه در تهران است. بنابراین اینکه ایشان بلند می‌شوند و می‌روند به قم اتفاقا نشان‌دهنده این است که ایشان سودای حکومت نداشتند.» «1»
اما آیا این سخن، درست و مطابق با وقایع تاریخی است؟ به شهادت سخنان شخص امام خمینی (ره)، او از ابتدا قصد تغییر رژیم در ایران را نداشت و به دنبال اصلاح شیوه حکومتداری محمدرضا پهلوی بود. «2» با این حال، تداوم وضعیت نابهنجار حکومت پهلوی، امام را بر آن داشت تا با رهبری یک نهضت انقلابی، رژیم سلطنتی را سرنگون کند. در دوران اقامت در نوفل لوشاتو، امام بارها تاکید می‌کرد که به محض بازگشت به ایران، حکومتی اسلامی مبتنی بر آرای مردم تشکیل خواهد داد. «3» زمینه‌های تحقق این آرمان، با بازگشت امام به کشور فراهم شد. او دولت موقت را مامور فراهم کردن مقدمات برگزاری همه‌پرسی قانون اساسی کرد و خود به قم بازگشت. اما امام چه جایگاهی برای خود در حکومت آینده متصور می‌شد؟ و از شواهد تاریخیِ پیرامون واقعه هجرت امام به قم، آیا می‌توان دلیلی بر خودداری ایشان از حضور در سلسله مراتب حکومت استنباط کرد یا نه؟
در بیانات امام، نقل قول روشنی که علل این اقدام را بیان کرده باشد موجود نیست. با این حال، راویان خاطرات و تاریخ، تحلیل‌های مشخصی را از علل این واقعه بیان کرده‌اند. در یک نمونه، هاشمی رفسنجانی، معتقد است: «حضور امام در قم، خواسته قلبی ایشان بود، زیرا براساس همان فکر که حضور روحانیون را در امور اجرایی به صلاح نمی‌دیدند، نظرشان براین شده بود که اگر از مرکز حکومت دور باشند، بهتر خواهد بود؛ ضمن آنکه جاذبه حوزه و محیط شهر قم و معاشرت با علما و طلبه‌ها که معمولا برای روحانیون طبیعی و عمومی است، در اتخاذ این تصمیم، بی‌اثر نبود.» «4» این سخنان به وضوح دو عامل را برای هجرت امام به قم بیان می‌کند: 1- حضور در محیط مذهبی قم 2- پرهیز از دخالت در امور اجرایی. حالا پرسش اصلی از این قرار است که آیا پرهیز از دخالت در امور اجرایی، به معنا پرهیز از حکومت است؟ و آیا جایگاهی که امام برای خود در آینده ایران ترسیم کرده است، جایگاهی نیست که هم در سلسله مراتب قوا، حضور دارد و هم در امور اجرایی دخالت نمی‌کند؟
امام خمینی، در ایام نزدیک به برگزاری همه‌پرسی قانون اساسی، بخشی از بیانات خود را به تبیین جایگاه ولایت فقیه در جامعه اسلامی اختصاص می‌دهد. این بیانات، اگرچه با کارویژه آشنا کردن مردم و نخبگان با شان حکومتی فقیه و به عنوان تاکیدی بر ضرورت گنجاندن این اصل در قانون اساسی، از سوی امام مطرح می‌شد، اما به شکلی غیرمستقیم معلوم بود که امام، در حال شناساندن جایگاه آینده خود در شبکه قدرت سیاسی آینده کشور است. امام درباره نقش ولی فقیه در مراتب حکومتی کشور می‌فرماید: «ولایت فقیه آنطور که اسلام مقرر فرموده است و ائمۀ ما نصب فرموده‌اند به کسی صدمه وارد نمی‌کند؛ دیکتاتوری به‌وجود نمی‌آورد، کاری که برخلاف مصالح مملکت است انجام نمی‌دهد، کارهایی که بخواهد دولت یا رئیس جمهور یا کس دیگری برخلاف مسیر ملت و برخلاف مصالح کشور انجام دهد، فقیه کنترل می‌کند، جلوگیری می‌کند.» «5» و در جایی دیگر، صریحا از نقش مداخله‌گر ولی فقیه پرده بر می‌دارد: «بله، آقایان بعضیشان می‌گویند مسئلۀ ولایت فقیه یک مسئلۀ «تشریفاتی» باشد، مضایقه نداریم. اما اگر بخواهد ولیّ، دخالت بکند در امور، نه، ما آن را قبول نداریم ـ حتماً باید یک کسی از غرب بیاید دخالت بکند؟! ـ ما قبول نداریم که یک کسی اسلام تعیین کرده او دخالت بکند. اگر متوجه به لوازم این معنا باشند، مرتد می‌شوند! لکن متوجه نیستند.» «6»
افزون بر این، سیره عملی امام، و نیز نوع برخورد مسئولان و مردم با ایشان در زمان اقامت در قم هم نشان می‌داد که هم خود او، خود را دارای ولایت امر می‌داند و هم مردم و مسئولان، خود را ملزم می‌دانستند که برای کسب تکلیف، به او مراجعه کنند. بیانات امام در ایام اقامت در قم، سرشار از دخالت در امور گوناگون سیاسی و اجتماعی کشور است. کسی که انقلاب کرده و حالا کار خود را تمام شده می‌داند و قصد بازگشت به حوزه و کناره‌گیری از حکومت دارد، چرا در همه امور دخالت می‌کند؟ به عنوان نمونه‌ای از این بیانات مداخله‌گرانه، تنها به یک مورد اشاره می‌شود. امام در پیامی به معمر قذافی، حاکم لیبی صراحتا می‌نویسد که «من به دولت دستور دادم که با مصر قطع رابطه نماید.» «7» آیا کسی که قصد حکومت ندارد، به دولت دستور می‌دهد و دولت هم خود را ملزم به پذیرش دستور او می‌داند؟
و پرسش دیگر اینکه چرا عموم مسئولین و مردم، در اغلب امور به دنبال مراجعه به او و تامین نظرات او می‌باشند؟ این احساس نیاز به حضور امام، باعث شده بود که پیشنهاد بازگشت به تهران، بارها از سوی مسئولین به امام ارائه شود: «دسترسی به امام در قم برای ما و اعضای دولت موقت ـ جدا از دوری راه ـ چندان دشوار نبود؛ اما گذشت زمان ضرورت حضور ایشان را در تهران برای ما مسجل‌تر کرد. حتی آقای بازرگان، علی‌رغم خوشنودی اولیه‌ای که نسبت به رفتن امام به قم داشت، وقتی با مشکلات روبرو شد، خواستار حضور ایشان در تهران بود. جمعی از اعضای شورای انقلاب نیز چند بار پیشنهاد برگشت ایشان به تهران را مطرح کرده بودند، اما عملی نشد.» «8» بنابراین، شواهد بسیاری نشان می‌دهد که امام در عین حال که اقامت در قم را به تهران ترجیح داد، هم در مقام نظر، جایگاهی حکومتی برای خود در نظر داشت و هم در مقام عمل، در عموم مسائل حکومتی کشور در جایگاه یک ولیِ ناظر و حاکم، دخالت می‌کرد. اقامت امام در قم، تنها تا وقوع ناراحتی قلبی ایشان ادامه پیدا کرد و ایشان از هنگامی که در بهمن ماه 58، برای مداوا در مرکز قلب تهران بستری شد، تمام مدت حکومت خود را در تهران اقامت کرد.