از وقایعی که در زمان حیات آیت الله بروجردی روی داد، دستگیری و محاکمه فدائیان اسلام در آذر ماه سال 34 بود. گرچه همۀ قرائن و شواهد حکایت از آن داشت که آنان به شهادت خواهند رسید، اما آیت الله بروجردی گمان می کرد که دولت تنها به محاکمه آنها اکتفا خواهد کرد؛ لذا هیچگونه اقدامی جهت تخفیف حکم دادگاه انجام نداد. اما موضع امام در این باره قابل تامل است. ایشان به دلیل آنکه حفظ مرجعیت آیت الله بروجردی را شرعاً لازم می دانست، بنابراین با موضع انتقادی و بعضاً پرخاشگرانه فدائیان اسلام نسبت به آیت الله بروجردی ـ و بعدها آیت الله کاشانی ـ نمی توانست موافق باشد؛ ولی سکوت را نیز در مقابل اعدام آنها جائز نمی دانست. لذا برای جلوگیری از حکم اعدام فدائیان اسلام اقدامی از طرف آیت الله بروجردی صورت نگرفت، برحسب وظیفه شرعی خود به سه نفر از رجال کشور (قائم مقام رفیع، بهبهانی و صدرالاشراف) که از اعتبار و وجاهت نسبی بیشتری برخوردار بودند، نامه های جداگانه ای نوشت و با مقدمه و ادله ای که آورد از آنها خواست مانع اعدام فدائیان اسلام شوند، اما جز یک نفر که پاسخی کودکانه نوشت، پاسخ دیگری دریافت نشد.
منبع: برداشتهایی از سیرهی امام خمینی (ره)؛ جلد یک، صفحه 231.
راوی: محمد حسن رجبی.