روز 21 خرداد سال 1348 رییس سازمان امنیت و فرماندار نجف به حضور امام رسیده و اظهار داشتند از شورای فرماندهی انقلاب ماموریت دارند که حاج آقا مصطفی را به بغداد اعزام کنند. (به این جرم که ایشان کسی بود که در شرایطی که پس از مراجعه مرحوم حکیم از بغداد از طرف امام به دیدار ایشان رفتند و از او دلجویی کردند) و برای انجام این ماموریت از حضور شما اجازه می خواهند. امام پاسخ دادند: «اگر اعزام مصطفی به بغداد منوط به اجازه من است من هرگز چنین اجازه ای نمی دهم و اگر مامور به جلب او هستید که خود می دانید.» وقتی ساعت هشت صبح آن روز حاج آقا مصطفی به همراه چندتن از مقامات امنیتی عراق به بغداد گسیل شد، امام طبق برنامه همه روزه سر ساعت در مجلس درس حاضر گردیده و در میان اندوه و تاثر و نگرانی حاضرین در مجلس، با یک دنیا آرامش و اطمینان به تدریس در مسایل پیچیده علمی و فقهی پرداختند و برنامه نماز و ملاقات و دیگر برنامه های روزانه خود را هم به صورت عادی دنبال کردند!
منبع: برداشت هایی از سیره ی امام خمینی (ره)؛ جلد دو، صفحه 242.
راوی: حجه الاسلام روحانی.