امام به شخصیت علمی فرزندشان احترام می گذاشتند. مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی را یک صاحب نظر و یک فیلسوف و مجتهد می شناختند ولی هیچگاه اجازه نمی دادند آن مرحوم در خط مشی مبارزاتی ایشان دخالت کند و حتی اجازهٔ سخنگویی از طرف خودشان را به والاترین و برجسته ترین شخص مثل مرحوم حاج آقا مصطفی نمی دادند.
منبع: برداشت هایی از سیره ی امام خمینی (ره)؛ جلد چهار، صفحه 254.
راوی: حجه الاسلام روحانی.