از وقایعی که در زمان حیات آیت الله بروجردی روی داد، دستگیری و محاکمه فداییان اسلام در آذرماه 1334 بود. گرچه همه قراین و شواهد حکایت از آن داشت که آنان به شهادت خواهند رسید، اما آیت الله بروجردی گمان می کرد که دولت تنها به محاکمه آنان اکتفا خواهد کرد. لذا هیچ گونه اقدامی جهت تخفیف حکم دادگاه انجام نداد. ولی امام به دلیل اینکه حفظ مرجعیت آیت الله بروجردی را شرعاً لازم می دانستند ـ لذا با موضع انتقادی و بعضاً پرخاشگرانه فدائیان اسلام نسبت به آیت الله بروجردی و بعداً آیت الله کاشانی، نمی توانستند موافق باشند، ولی سکوت را نیز در مقابل اعدام آنها جایز نمی دانستند ـ برای جلوگیری از اعدام آنها شخصاً اقداماتی کردند. امام به حسب وظیفۀ شرعی خود به سه نفر از رجال کشور (قائم مقام رفیع، بهبهانی و صدرالاشراف) که از اعتبار و وجاهت بیشتری برخوردار بودند، نامه های جداگانه ای نوشتند و با مقدمه و ادلّه ای که آوردند از آنها خواستند مانع اعدام فداییان اسلام بشوند.
منبع: برداشت هایی از سیره ی امام خمینی (ره)؛ جلد پنج، صفحه 28.
راوی: آیت الله جعفر سبحانی.