شناخت جامعه از «محمدعلی رجایی»به گاه پیروزی انقلاب، چندان فراگیر نبود. تنها عدهای از مبارزین که مقاومت او را در کمیته مشترک یا زندانها دیده بودند، به او به نظر تحسین مینگریستند، یاکسانی که پیشتر از آن با وی در دروس آیتالله سید محمود طالقانی در مسجد هدایت تهران شرکت میجستند. اولین بار در دولت موقت بود که نام رجایی به عنوان کفیل وزارت آموزش وپرورش مطرح شد. با بنیانگذار جمهوری اسلامی نیز پیشینه آشنایی طولانی نداشت، حداکثر باید گفت که در دوران اوجگیری انقلاب از نزدیک با او آشنا شده بود. با این همه، گوهر تدیّن و صداقت او موجب گشته بود که امام در مواقع حساس، تلویحا وتصریحا به حمایت از او بپردازد و ذهنیتسازیهای منفی بر علیه وی را خنثی سازد. درماجرای انتخاب رجایی به نخست وزیری و پس از آنکه ترفندهای بنیصدر در ممانعت از انتخاب او به این سمت ناکام ماند، تاکید بر «بیسوادی»نخست وزیر، ترجیعبند سخنان تحقیرآمیز رئیس جمهور او، درخلوت و جلوت بود. در چنین شرایطی که رجایی کمتر درصدد دفاع از خویش برمیآمد، امام دریکی از سخنرانیها اینگونه او را ستود:
«بعضیها عقلشان بیشتر از علمشان است، آقای رجایی از شخصیتهایی است که عقلش بیشتر از علمش است». «۱»
به هر روی دوران شلتاق بنیصدر گذشت و او به بنبست رسید. به رغم تجربه تلخ اولین رئیس جمهور غیر روحانی، همچنان نظر امام برآن بود که روحانیون کاندیدای ریاست جمهوری نباشند. درچنین شرایطی یک ارزیابی کوتاه از فضای سیاسی کشور نشان میداد که رجایی نزدیکترین چهره به معیارهای یک رئیس جمهور انقلابی است. او با سیل درخواستها وشعارهای مردم برای نامنویسی در انتخابات مواجه شد و پس از انجام مشورتهای لازم، بدان تن درداد. بیشترین دغدغه امام در آستانه انتخاب دومین رئیس جمهور، بصیرتافزایی و تحذیر مردم از تکرار اشتباه اولین دوره ریاست جمهوری است:
«به زن و مرد و آن کسی که به حد رای دادن قانونی رسیده واجب است این مساله که در پای صندوقهای تعیین رئیس جمهور حاضر بشوند و رای بدهند. چنانچه سستی بکنید، کسانی که میخواهند این کشور را به باد فنا بدهند، ممکن است پیروز بشوند، باید همه شما، همه ما، زن و مرد، هر مکلف همان طور که باید نماز بخواند، همان طور باید سرنوشت خودش را تعیین کند. ما یک سیلی خوردیم از اشتباه، ما همه این نابسامانیهایی که الان داریم برای اینکه اشتباه کردیم، نباید اشتباه تکرار بشود. دنبال این باشید که یک نفر صد در صد مکتبی، اسلامی، در خط اسلام، برای ریاست جمهور انتخاب کنید. همه گروهها و همه جمعیتها، همه علمای بلاد و همه مردم بلاد باید در این امر حیاتی که اگر اشتباه باز بکنیم، باز بعد از چندی باید یک عزلی پیش بیاید و دوباره از سرگرفتار بشود، باز اشتباه نکنیم». «2»
دومین انتخابات ریاست جمهوری در دوم مردادماه 1360 برگزار شد و رجایی از همان مردمی که پیش از آن بنیصدر آنها را پشتوانه خویش میانگاشت،12 میلیون رای گرفت! جریان خط امام از این رویداد تاریخی خرسند گشت و فضای عمومی کشور مقداری از التهاب خودکاست. با این همه امام در مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری رجایی، باز تذکاری را تکرار کرد که پیش از آن در مراسم تنفیذ ریاست جمهوری بنیصدر آن را بیان داشته بود:
«امروز باید همانطوری که در سابق به رئیسجمهور سابق بعضی مطالب را تذکر دادم، به آقای رجائی هم تذکراتی بدهم که قضیهی مقام و ریاست هرچه باشد، این وقتیکه نظر انسان یک نظر محدود دنیایی باشد، این مقامات، انسان را ازخودش بیخود میکند، اینها را مقام میداند... شما دیروز نخستوزیر بودید و پریروز وزیر بودید و قبل از او معلم بودید و قبل از او هم یک شاگردی بودید و بعد از این هم معلوم نیست کی از اینجا بروید. ممکن است - خدای نخواسته - همین حالا که بیرون رفتید و یا همین حالا یک بمبی اینجا باز منفجر بشود و فاتحهی همه را بخواند وقتی مطلب این است که چرا باید انسان قبل از ریاست جمهور و بعدش فرق بکند؟ مگر ریاست جمهور چه هست؟ کسیکه دلش به نور توحید روشن است مگر عالم چه هست؟ همهی عالم چه هست؟ همهی عالم در مقابل عظمت خدای تبارک و تعالی چیزی نیست. تمام این عالم مادی در مقابل عالمهای معنوی که هست قدر محسوسی ندارد. آنوقت ما برای یک کدخدای ده یا یک کدخدای شهر، یا کدخدای یک کشور خیال بکنیم که خیر، ما الان یک چیزی هستیم و دیگران به نظرمان کوچک بیایند و خودمان را بزرگ». «3»
تقدیر خدای عالمیان این بود که محمدعلی رجایی تنها 26 روز سکان قوه مجریه را در دست داشته باشد و در بعداز ظهر هشتمین روز از شهریورماه همان سال، درفاجعه انفجار دفتر نخست وزیری همراه با یار دیرینهاش محمدجواد باهنر، دنیای مارا ترک گوید. با این همه، خاطره ماندگار او در ذهن و دل مردمی که رجاییِ دستفروش، رجایی معلم و رجایی رئیس جمهور را به لحاظ اخلاق وتواضع یکسان یافته بودند، همچنان ماندگار ماند. او در ضمیر عدهای از اهالی این دیار به نمادی مبدل گشت که رفتار روسای جمهور هر دوره را، ناخودآگاه با وی میسنجند و در این قیاس نتایجی گویا میگیرند.