سرانجام کشمکش‌های بی‌انتهای سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در مهرماه 1365 به پایان رسید. نامه‌ی استعفای آیت‌الله حسین راستی کاشانی، نماینده‌ی امام در سازمان، و پاسخِ «با استعفای جنابعالی و درخواست انحلال س ازمان موافقت مینمایم.» امام خمینی در 12 مهر 1365«1»، همانند مُهر پایانی بر این تشکیلات بود و زمین بازی جدیدی برای جدال نیروهای چپ و راست اسلام‌گرا ترسیم کرد.
پیشینه این انحلال اما به روزهای نخست پیروزی انقلاب اسلامی بازمی‌گشت. یک ماه از اعلام موجودیت سازمان مجاهدین انقلاب گذشته بود که اولین رویارویی دو نگرش به اسلام انقلابی در مقابل هم صف آراستند. روز 11 اردیبهشت 1358 که مقارن با روز جهانی کارگر است، بهانه‌ی این اختلاف بود. گروهی از نیروهای سازمان درصدد صدور بیانیه‌ای برای پاسداشت روز کارگر بودند ولی دسته‌ای دیگر توجه فوق‌العاده به کارگران، آن هم با ادبیات نهضت‌های انقلابی چپ را برگرفته از آموزه‌های مارکسیستی می‌دانستند.
طولی نکشید که دومین اختلاف نظر در زمستان همان سال سر باز زد. محور این اختلاف درون‌گروهی که ابعاد گسترده‌تری از بیانیه روز کارگر داشت، مساله بزرگداشت علی شریعتی بود. گروهی پیشنهاد انتشار اطلاعیه‌ای به مناسبت سالگرد درگذشت شریعتی ارائه کردند و دسته‌ی دیگری از اعضای سازمان موافق این کار نبودند. از دسته اول گروهی چهارنفره شامل بهزاد نبوی، مرتضی الویری، ساجدی و پروین نزد امام می‌روند تا نظر ایشان را در این‌باره جویا شوند. ظاهرا امام موضع صریحی درباره صدور اطلاعیه نگرفتند؛ هرچند ساجدی و پروین بر این باورند که امام بزرگداشت شریعتی را از مسائل اختلافی و بالتبع حرام می‌دانستند. در نهایت اما بهزاد نبوی و همفکرانش بیانیه‌ای در سالگرد درگذشت دکتر شریعتی صادر کردند.
اختلافاتی از این جنس و شکاف‌هایی که رو به عمیق شدن می‌رفت، شرایطی را فراهم آورد تا نیاز وجود نماینده امام در سازمان احساس می‌شد. این طرح در شورای مرکزی سازمان به تصویب رسید تا شاید نماینده امام خمینی مرهمی بر اختلاف چپ و راست باشد. پس از موافقت امام، نوبت به انتخاب نماینده رسید و نام‌هایی همچون آقایان بهشتی، مطهری، شاه‌آبادی، امامی کاشانی، مهدوی کنی و راستی کاشانی مطرح شد. رهبر انقلاب سرانجام حسین راستی کاشانی را به عنوان نماینده خود در سازمان منصوب کردند؛ اما انتخاب راستی کاشانی بجای آن که آرام‌بخش این اختلافات باشد، همچون بنزین، آتش مقابله را برافروخته‌تر کرد. این بار محل نزاع حدود اختیارات و وظایف نماینده امام بود. عده‌ای معتقد بودند که حکم فقهی و نظرات آیت‌الله راستی کاشانی بالاتر از دستورات حزبی و سازمانی است، اما در برابرشان عده دیگری مخالف این نظریه بودند.
اکنون مرزبندی جریان‌های داخلی سازمان شفاف‌تر به نظر می‌آمد. جریان موسوم به چپ که در راس آن افرادی چون بهزاد نبوی، محمد سلامتی، سعید حجاریان، هاشم آغاجری، مصطفی تاج‌زاده، علیرضا شجاعی‌زند، پرویز قدیانی، مهدی نیکدل و محسن آرمین قرار داشتند، معتقد بودند که حکم سازمانی بر نظرات فقهی نماینده امام ارجحیّت دارد. جناح راست اما نظارت نماینده رهبری را از نوع نظارت استصوابی، عام و فراگیر تلقی می‌کرد. این گروه افرادی چون احمد توکلی، محسن رضایی، حسین فدایی، عبدالحسین روح‌الامینی، حسین زیبایی‌نژاد، مجتبی شاکری و محمدباقر ذوالقدر را در برمی‌گرفت. جناح میانه‌ای هم وجود داشت که البته بیشتر متمایل به جریان چپ بود، ولی اعتقاد داشت اختلاف دو جناح بیش از حد خصمانه است و هیچ منبع بنیادی برای تفاهم وجود ندارد.
در این وضعیت جناح چپ سازمان تمام تلاش خود را کرد تا راستی کاشانی از سمت خود برکنار شود. دیدار برخی اعضای سازمان با امام خمینی در 13 مهرماه 1360 هم در همین راستا بود، اما نظر امام تغییری پیدا نکرد. جناح چپ مخالفت‌های گاه و بی‌گاه خود با نماینده امام را به اشکال گوناگون نشان می‌داد. یک بار عنوان شد که بین نظر و حکم نماینده امام تفاوت وجود دارد و تنها حکم او لازم‌الاتباع است؛ باری دیگر اعلام کردند که نماینده امام هیچ اختیاری برای دخالت در امور سازمان ندارد و کار نماینده امام فقط توشیح است. در مرتبه دیگری گفتند حسین راستی کاشانی رابط امام است، نه نماینده امام. جناح چپ راه‌های گوناگونی را می‌پیمایید تا نماینده امام را به انزوا بکشاند و وادار به استعفا کند. امام خمینی اما چندین بار اصرار به ادامه ماموریت او داشتند و حاضر نشدند زیر بار فشار مخالفان بروند.
سرانجام در روز 13 شهریور 1361 راستی کاشانی به دیدار امام رفت؛ ملاقاتی مهم و تاثیرگذار که مسائل مطروحه جناح چپ در آن، پاسخ خود را می‌یابند. به دنبال آشکار شدن نظر صریح امام در مورد نظارت و کیفیت آن و نیز حدود و اختیارات نماینده امام، 37 نفر از اعضای جناح چپ سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در 20 دی‌ماه 1361 در نامه‌ای به آیت‌الله راستی کاشانی از عضویت در این سازمان استعفا دادند.
اوضاع کج‌دار و مریز سازمان مجاهدین انقلاب با فراز و فرودهای سال‌های جنگ پیش رفت تا این که نیمه دهه شصت، آخرین روزهای حیات سازمان فرا رسید. مهرماه 1365 آیت‌الله راستی کاشانی در نامه‌ای به امام، از ایشان خواست تا با استعفای وی و انحلال سازمان موافقت فرمایند. او نوشت: «با اینکه در اطاعت از امر مکرر حضرت امام نسبت به نمایندگی در سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی بحمدالله تاکنون انجام وظیفه شده است و به لطف خداوند با توجه به نقطه‌نظرهای مبارک، خطر ضعف‌هایی که ممکن بود از جانب منحرفین ایجاد شود برطرف شده است، ولی با اشتغالات درسی در حوزه و اطاعت از دیگر اوامر حضرت مستطاب عالی فرصت لازم برای ادامه نمایندگی آن حضرت در سازمان مذکور نیست. استدعای استعفا دارم. ضمناً چون در پیروی از فرمایشات حضرتعالی عده‌ای از اعضای محترم سازمان به جبهه رفتهاند و عده‌ای عازم هستند، استدعای انحلال دارند.» امام خمینی هم با هر دو درخواست موافقت نمودند و بدین ترتیب سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی پس از چندین سال گلاویزی دو جناح درونی‌اش، در 12 مهرماه 1365 منحل شد.