پاییز 65 خبر دستگیری سیدمهدی هاشمی، مسئول سابق واحد نهضت‌های آزادی بخش سپاه و برادر داماد آیت‌الله منتظری منتشر می‌شود. مدتی قبل از آن، معاونت ضدجاسوسی وزارت اطلاعات یک خانه تیمی را کشف کرده بود که متعلق به همکاران مهدی هاشمی بود. سیدمهدی از سال 61 که واحد نهضت‌های آزادی‌بخش منحل شده بود، با حکم مستقیم آیت‌الله منتظری به عنوان نماینده او در امور نهضت‌ها فعالیت می‌کرد. پس از کشف خانه تیمی و اعتراف مسئول آن خانه به فعالیت تحت نظر سیدمهدی، به خاطر انتساب او به آیت‌الله منتظری، مسئله توسط وزیر اطلاعات در جلسه سران قوا مطرح می‌شود، اما با مخالفت برخی از آنها مواجه می‌شود.
اما بر خلاف برخی سران قوا، امام معتقد به پیگیری بی‌ملاحظه‌ی پرونده است و در جلسه با سران قوا تاکید می‌کند هرکس مجرم باشد، حتی سیدمهدی هاشمی، باید دستگیر شود. وقتی مسئولین بیان می‌کنند دستگیری‌ها ممکن است به بیت آیت‌الله منتظری و خود ایشان هم برسد، امام باز هم بر لزوم رسیدگی بی‌ملاحظه به پرونده تاکید می‌کنند.
از سوی دیگر پس از دستگیری سیدمهدی، حامیان او نیز بیکار ننشستند. قائم‌مقام رهبری دیدارهای عمومی‌اش را تعطیل کرده و اطلاعیه‌ها و بیانیه‌های متعددی با عناوین مختلف علیه وزارت اطلاعات در سطح جامعه منتشر می‌شود. فشارها برای سنگ‌اندازی در مسیر رسیدگی به پرونده بیشتر می‌شود. 4 آبان‌ماه وزیر اطلاعات در نامه‌ای به امام می‌خواهد ایشان تکلیف را مشخص کنند. امام در پاسخ به این نامه، با اشاره به اعلامیه‌های اخیر خود می‌نویسند: «جنابعالی موظف هستید به جمیع جوانب این امر با کمال دقت و انصاف رسیدگی نمایید؛ و تمام افراد متهمی را که از سران این گروه محسوب می‌شوند و نیز افراد دیگری را که در انتشار مسائل کذب و قضایای دیگر دست داشته‌اند تعقیب نمایید». امام این نامه را اینگونه به پایان می‌برند: «خداوند تعالی را حاضر و ناظر بدانید که این امر عبادتی است که دامان بزرگانی را از اتهامات پاک و توطئه منحرفان را خنثی می‌کند».
پس از آن‌که وساطت برخی علما و چهره‌های سیاسی برای شکستن اعتصاب اعتراضی قائم‌مقام رهبری بی‌نتیجه می‌ماند، امام او را به جماران دعوت می‌کنند تا در حضور سران قوا با او سخن بگویند. سیداحمد خمینی فرزند امام بعدها در رنجنامه خود خطاب به آیت‌الله منتظری این جلسه را اینگونه روایت می‌کند: «امام در این جلسه با تواضع بسیار از شما خواستند که اعتصاب خود علیه نظام را بشکنید. به شما گفتند: آیا شما ماها را دشمن خود می‌دانید؟ یقیناً این را نمی‌توانید بگویید. بعد با حالت بسیار صمیمی و گرم فرمودند: من از شما خواهش می‌کنم که این کارها را کنار بگذارید و مشغول کار خود بشوید. قبول نکردید. فرمودند: من ارادت به شما دارم، من مخلص شما هستم از این مرید و مخلص خود قبول بفرمایید و به کار خود مشغول شوید. با کمال خشونت گفتید «لایکلّف الله نفساً الا وسعها». در این هنگام من به دوستان نگاه کردم، دیدم همگی از شرم و حیا سرهاشان را پایین انداخته‌اند و آقای خامنه‌ای اشک در چشمانشان بود، آقای رفسنجانی و من در جلوی امام به شما گفتیم که شما قائل به ولایت فقیه هستید و بقول خودتان هفتصد صفحه پیرامون آن مطلب نوشته‌اید، چرا گوش به حرف امام نمی‌دهید؟ باز همان جمله «لایکلف الله نفساً» را به زبان آوردید».
سیدمهدی هاشمی که بود؟
«اطرافیان و جریان حاکم بر بیت آیت‌الله منتظری» از ابتدای انقلاب، مساله‌ی خیلی از دلسوزان انقلاب بود و سیدمهدی هاشمی از همان ابتدا به علامت سوال بزرگی در شعاع شخصیت آیت‌الله منتظری تبدیل شده است. اغلب انقلابیون، چهره او را در حالی به یاد داشتند که سال 55 با ریش تراشیده در دادگاه جنایی اصفهان به جرم قتل آیت‌الله شمس‌آبادی، یکی از علمای اصفهان، محاکمه می‌شد و به همین خاطر به اعدام محکوم شده بود.
سیدمهدی که سایه چوبه دار را بر سرش احساس می‌کرد، با نامه‌نگاری‌های متعدد به شخصیت‌های مختلف ملی، مذهبی و بین‌المللی تلاش کرده بود خود را قربانی پرونده‌سازی ساواک در قتل مرموز آیت‌الله شمس‌آبادی معرفی کند. سال 56 برخی انقلابیون در تحصن اعتراض به حبس تعدادی از زندانیان سیاسی در کلیسای سنت‌ماری فرانسه، نام سیدمهدی را نیز در کنار آنها درج می‌کنند. اما امام‌خمینی به همین خاطر حاضر به حمایت از تحصن نمی‌شود. اقدامی که از همان سال 56، تکلیف سیدمهدی را در ذهن خیلی‌ها روشن می‌کند.
اما تابستان 57، حکم سه بار اعدام او نقض و با آزادی زندانیان در ماه‌های منتهی به پیروزی انقلاب، سیدمهدی هم از زندان آزاد شد. پس از پیروزی انقلاب، سیدمهدی نزد دوست و خویشاوندش محمد منتظری بازگشت و به واسطه‌ی او در واحد نهضت‌های آزادی‌بخش سپاه مسئولیت گرفت.
امام در همین ایام در ملاقات با برخی مسئولان اطلاعات سپاه صراحتاً به آنها می‌گویند: «در مورد فعالیت اینها (مهدی هاشمی و باند او) کنترل داشته باشید و آنها را زیر نظر داشته باشید. اینها باید قلع و قمع شوند». «1»
فعالیت‌های خودسرانه سیدمهدی باعث شد وقتی سپاه در سال 61، اساسنامه‌اش را برای تصویب به مجلس فرستاد، واحد نهضت‌های آزادی‌بخش را از ساختارش حذف کند. پاییز 61 آیت‌الله منتظری سیدمهدی را به عنوان نماینده خود در امور نهضت‌های آزادی‌بخش منصوب کرد تا سیدمهدی با دست بازتری فعالیت‌هایش را ادامه بدهد.
در محکمه
با گذشت چندین سال از همه این مسائل، او در پاییز سال 65 در بازداشتگاه وزارت اطلاعات داشت به سوالات زیادی پاسخ می‌داد؛ از قتل شمس‌آبادی گرفته تا ارتباط نهضت‌های آزادی‌بخش با لیبی، تشریح اقدامات جریان حاکم بر بیت آیت‌الله منتظری، جعل سند علیه مخالفان، پنهان‌سازی سلاح و مهمات و قتل‌های پس از انقلاب.
پس از اعتراف سیدمهدی به جرائم متعددش، او بخشی از آنها را در مصاحبه‌ای تصویری بیان می‌کند. امام پس از مشاهده نوار این مصاحبه، دستور پخش آن را از تلویزیون صادر می‌کنند. در جریان رسیدگی به پرونده مهدی هاشمی، با توجه به اینکه برادرش هادی رئیس دفتر آیت‌الله منتظری بود و نقش مهمی در معادلات داشت، اعترافاتی علیه او بیان شد که نشانگر مجرم بودن او بود و به نوعی او نیز یکی از متهمان این پرونده محسوب می‌شد.
پس از احضار و بازجویی از هادی هاشمی، او مسئولیت بخشی از اتهامات را پذیرفته و برخی دیگر از تخلفات را انجام دستورات آیت‌الله منتظری عنوان کرد. منتسب کردن بخشی از جرایم و تخلفات توسط هادی هاشمی به آیت‌الله منتظری بر پیچیدگی ماجرا می‌افزود. از آنجایی که مجرم بودن هادی محرز بود، امام تصمیم‌گیری درباره برخورد با او را به روسای قوا محول می‌کند.
آیت‌الله ری‌شهری، وزیر اطلاعات وقت، ماجرای این پیشنهاد و برخورد حضرت امام را اینگونه روایت می‌کند: «روسای سه قوه پس از بحث در این‌باره به نظر واحدی نرسیدند. یک نظر این بود که به وی ماموریتی در خارج از کشور محول شود. یک نظر موافق تبعید بود. نظر دیگر این بود که اگر حضرت امام با رفتن وی به خارج از کشور موافق نباشند، تبعید صورت گیرد. پیشنهاد اول با من مطرح شد که با آن مخالفت کردم. زیرا اولاً آقای هادی هاشمی یک مجرم بود. چگونه می‌توان به یک مجرم، شرافت نمایندگی و کارگزاری جمهوری اسلامی ایران را در خارج از کشور واگذار کرد. ثانیاً هدف اصلی، دور شدن او از آقای منتظری بود. اگر او به حکم حضرت امام تبعید می‌شد، در آینده نیز کسی جرات بازگرداندن تبعیدی امام را نمی‌کرد. اما ماموریت خارج، به هر حال پایان یافته و او مجدداً در کنار آقای منتظری جای خواهد گرفت و این نقض غرض اصلی خواهد بود. حضرت امام نیز با این پیشنهاد مخالفت کردند.» «2»
با توجه به جمع‌بندی جلسه، وزیر اطلاعات در دی‌ماه 65 به امام پیشنهاد تبعید هادی هاشمی و جدایی او از دفتر آیت‌الله منتظری را می‌دهند: «وزارت اطلاعات به این نتیجه رسیده که لازم است نامبرده مدتی زیر نظر این وزارتخانه به یکی از نقاط کشور تبعید گردد. موافقت و اجازه حضرتعالی برای اقدام ضروری است.» امام در پاسخ می‌نویسند «با حفظ تمام موازین عدل و انصاف موافقت می‌شود. ان‌شاءالله تعالی موفق باشید.» «3»
سیدهادی پس از چند ماه از محل تبعید خود به قم باز‌می‌گردد و فشارها برای لغو حکم تبعیدش بیشتر می‌شود. تیرماه 66 وزیر اطلاعات در نامه‌ای به امام با اشاره به «تمایل و درخواست آیت‌الله منتظری مبنی بر آزادی و بازگشت نامبرده به قم» می‌نویسد: «وزارت اطلاعات با شرایط ذیل پیشنهاد عفو مشروط نامبرده را از مقام معظم رهبری دارد: 1- آقای هادی هاشمی کتباً از اشتباهات گذشته اظهار ندامت نماید؛ 2- نامبرده متعهد گردد که از این تاریخ به بعد با وابستگان به گروه منحرف مهدی هاشمی بکلی قطع رابطه نماید. 3- از دخالت در امور جاری و سیاسی دفتر آیت‌الله منتظری خودداری کند. به نظر این وزارتخانه، بدون شرایط فوق بازگشت وی به قم به مصلحت جمهوری اسلامی نیست.»
امام 16 تیرماه در پاسخ به این نامه می‌نویسند: «بسم الله الرحمن الرحیم. با تشکر از زحمات اعضای محترم وزارت اطلاعات، این سربازان گمنام امام زمان -عجل الله تعالی فرجه- که در جنگ با ایادی استکبار در داخل کشور صدمات بسیاردیده‌اند و از طعن و لعن ضد انقلاب و اغفال‌شده‌ها نرنجیده و وظیفه اسلامی-میهنی خود را انجام می‌دهند، با شرایط وزیر محترم اطلاعات، آقای ری‌شهری، موافقت می‌نمایم. ان‌شاءالله خداوند به همه شما توفیق بیشتر عنایت فرماید.» «4»
پس از اتمام فرآیند بازپرسی و تکمیل پرونده سیدمهدی هاشمی، امام در حکمی به حجت‌الاسلام رازینی او را مامور تشکیل دادگاه ویژه روحانیت می‌کنند. سیدمهدی هاشمی در این دادگاه به اعدام محکوم می‌شود و 6 مهرماه 66 این حکم اجرا می‌شود. «5»