در اولین ساعات تسخیر سفارت آمریکا توسط دانشجویان خط امام، موسوی‌خوئینی‌ها با دفتر امام تماس می‌گیرد تا ایشان را از هویت تسخیرکنندگان مطلع کند. «مرحوم حاج‌احمدآقا گوشی تلفن را برداشتند. موضوع را به ایشان اطلاع دادم و درخواست کردم که به اطلاع حضرت امام برسانند و بگویند که دانشجویان مورد اعتماد بنده هستند و هر جور که امام بفرمایند عمل خواهد شد. حاج‌احمدآقا به بنده گفت گوشی را نگه دارید. ایشان نزد امام رفت و پس از دو یا سه دقیقه برگشتند و از قول امام به بنده گفتند که خوب جایی را گرفته‌اید، محکم نگه دارید.» «1»
عصر همان روز حاج‌سیداحمد خمینی به نمایندگی از امام، در جمع دانشجویان در داخل سفارت حضور یافت. روز 14 آبان، امام خمینی در سخنرانی خود، ضمن تایید اقدام دانشجویان، آمریکا را «شیطان بزرگ» و همان گونه که در اطلاعیه دوم دانشجویان آمده بود، سفارت آمریکا را «لانه جاسوسی» خواندند. «2» دانشجویان خط امام اعلام می‌کنند پانزدهم آبان‌ماه حاج‌احمد خمینی درخواست وزیر امور خارجه آمریکا جهت وساطت برای آزادی گروگانها را رد کرده است. سایروس ونس از طریق وزارت امور خارجه ایران پیام خود را به فرزند امام رسانده بود. «3»
آمریکایی‌ها پس از تسخیر سفارت، کمیته ویژه هماهنگی برای رسیدگی به اشغال سفارت را تشکیل دادند. جودی پاول، سخنگوی کاخ سفید، در مصاحبه‌ای ضمن رد اقدام نظام آمریکا، اعلام کرد «آمریکا با کشورهای دیگر که به آمریکا پیشنهاد کمک در این باره داده‌اند در تماس است.»
به پیشنهاد برژینسکی، کارتر تصمیم می‌گیرد دو نماینده، برای مذاکره درباره بحران پیش‌آمده به ایران اعزام کند. رمزی کلارک، دادستان پیشین آمریکا که در پاریس نیز به دیدار امام رفته بود، به همراه ویلیام میلر، از کارکنان سابق وزارت خارجه، رهسپار ایران شدند.
امام به محض شنیدن این خبر در روز 16 آبان 58 پیامی خطاب به شورای انقلاب اسلامی و مسئولان دولتی صادر می‌کند: «از قرار اطلاع نمایندگان ویژه کارتر در راه ایران هستند و تصمیم دارند به قم آمده و با اینجانب ملاقات نمایند. لهذا لازم می‌دانم متذکر شوم دولت امریکا که با نگهداری شاه، اعلام مخالفت آشکار با ایران را نموده است و از طرفی دیگر آن‌طور که گفته شده است سفارت امریکا در ایران محل جاسوسی دشمنان ما علیه نهضت مقدس اسلامی است، لذا ملاقات با من به هیچ وجه برای نمایندگان ویژه ممکن نیست و علاوه بر این:
1- اعضای شورای انقلاب اسلامی به هیچ وجه نباید با آنان ملاقات نمایند.
2- هیچ یک از مقامات مسئول حق ملاقات با آنان را ندارند.
3- اگر چنانچه امریکا، شاه مخلوع، این دشمن شماره یک ملت عزیز ما را به ایران تحویل دهد و دست از جاسوسی بر ضد نهضت ما بردارد، راه مذاکره در موضوع بعضی از روابطی که به نفع ملت است باز می‌باشد.» «4»
وقتی پیام امام منتشر می‌شود، فرستادگان کارتر که در ترکیه هستند، متوجه بی‌نتیجه بودن سفر خود شده و به آمریکا باز می‌گردند. آنها حامل نامه‌ای از کاتر بودند که بعدها تصویرش منتشر می‌شود.
جمعه 18 آبان آیت‌الله منتظری، امام جمعه تهران در خطبه‌ها با اشاره به پناه دادن آمریکا به شاه که منجر به تسخیر لانه جاسوسی شد می‌گوید «ما از ملت آمریکا می‌خواهیم که به دولت خودشان رسماً اعتراض کنند که چرا آمریکا برای یک خائنی که متجاوز از پنجاه‌هزار نفر از ملت ایران را کشته است و شکنجه داده و ثروت‌ها را به غارت برده؛ آبروی آمریکا را در دنیا می‌برد.»
اما هیئت کلارک-میلر تنها میانجی آمریکایی‌ها نبود. در روز 19 آبان‌ماه فرستاده ویژه پاپ با امام دیدار می‌کند. امام در این ملاقات با انتقاد از سکوت پاپ در برابر جنایت‌های شاه و خاندان پهلوی در حق مردم ایران می‌گویند «نجات به این است که این اشخاصی که در ممالک بزرگ به اسم مسیح و به اسم مسیحیت این جنایات را می‌کنند، این برای مسیح علیه‌السلام خوب نیست، و مسیحیین مُشوَّه می‌شود وجهه‌شان. و من به شما آقای پاپ عرض می‌کنم که اگر عیسی مسیح امروز بود، کارتر را استیضاح می‌کرد. اگر عیسی مسیح بود ما را از چنگال این دشمن خلق و دشمن بشر نجات می‌داد. و شما نماینده ایشان هستید، و شما باید همان کاری که مسیح می‌کند بکنید.» «5»
پس از سخنان امام درباره نفی مذاکره و نپذیرفتن میانجی‌ها، سخنگوی دانشجویان مستقر در لانه جاسوسی درباره میانجیگری سازمان آزادیبخش فلسطین اعلام کرد «ما با سازمان آزادیبخش فلسطین در این مورد در تماس نبوده‌ایم. نظر ما دقیقاً نظر امام است و به هیچ‌وجه مذاکره سیاسی را نمی‌پذیریم.» «6» ابوولید، فرمانده نظامی سازمان الفتح فلسطین که در ایران به سر می‌برد، در پاسخ به سوالی درباره میانجیگری در ماجرای گروگانها گفت «ما برای وساطت نیامدیم و رغبت آن را هم نداریم بین آمریکا و انقلاب ایران میانجیگری کنیم. این اصلاً موضوع جالبی نیست.» «7»
چندی بعد و در روز 22 آبان، دستور توقیف کلیه دارایی‌های ایران در بانک‌های آمریکایی و شعبه‌های خارجی آن صادر و خرید نفت از ایران متوقف می‌شود. در همین ایام چند خبرنگار آمریکایی با امام مصاحبه می‌کنند و ایشان در پاسخ به سوالی درباره امکان مذاکره یا ملاقات با کارتر می‌گویند «ملاقات ما تاثیری در امور ندارد. اگر آقای کارتر بخواهد با این ملاقات، فرضاً ما تنازلی بکنیم، از آمدن مجرم که ایشان به حسب قواعد بین‌المللی باید تسلیم بکند، بخواهند که ما یک قدمی پایین بیاییم، این امکان ندارد. و اگر او را بفرستند اینجا ملاقات ما دیگر چه فایده‌ای دارد. لهذا من مایل به ملاقات ایشان نیستم.» «8»
زمان به ضرر کارتر می‌گذرد. آبان‌ماه 1359، یعنی یک سال دیگر، انتخابات ریاست‌جمهوری آمریکا برگزار خواهد شد و کارتر به خوبی می‌داند که اگر تا آن زمان مسئله گروگانها را حل نکرده باشد، احتمالاً باید با کاخ سفید خداحافظی کند. به همین خاطر همه تلاشش را می‌کند تا بزرگترین ضربه حیثیتی آمریکا را به برگ برنده‌ای برای انتخابات پیش‌رو تبدیل کند.
روزهای ابتدایی فرودین 1359 خبری غافلگیرکننده جهان را تکان می‌دهد. به دستور امام، متن نامه محرمانه چند روز قبل کارتر خطاب به امام از رادیو خوانده می‌شود. این پیام توسط کاردار سفارت سوئیس در تهران به وزارت امور خارجه تحویل داده شده بود. پیام دیگری نیز با محتوای مشابه ولی با لحنی قاطع‌تر برای بنی‌صدر فرستاده شده بود. دفتر امام اعلام کرد «برای اینکه ملت عزیز ایران در جریان تمام مسائل باشند، پیام کارتر منتشر می‌شود.»
کارتر در این پیام کوشیده بود با فرار از خواسته اصلی ایران یعنی استرداد شاه، از لزوم «ایجاد روابط جدید بر اساس برابری و احترام»، «آمادگی پذیرش حقایق جدید مولود انقلاب ایران» و تلاش برای هدف واحدی که «صلح جهانی و برقراری عدالت برای همه ملل» است سخن بگوید. آخرین جملات پیام کارتر این بود: «اجازه می‌خواهم جسارتاً اعلام دارم که به نظر من، زمان و دشمنان واقعی نظام‌های سیاسی مربوطه ما به زیان ما مشغولند.»
بلافاصله پس از انتشار این خبر، کاخ سفید ارسال هر دو پیام را تکذیب نمود! انکار نامه‌نگاری از سوی کاخ سفید باعث شد فرزند امام، سیداحمد خمینی حقایق تازه‌ای را آشکار کند. او در مصاحبه‌ای با اشاره به اینکه در آمریکا رسم بر این است که وقتی پیامی را می‌دهند سعی می‌کنند اخبارش منتشر نشود، درباره علت افشای این پیام گفت «ایشان فرمودند که این باید منتشر بشود برای اینکه ما چیزی را از ملت پنهان نمی‌کنیم؛ و در ثانی به احتمال قوی اینها ممکن است خودشان منتشر کنند و بعد یک چیزهایی فکر کنند و مردم هم فکر کنند که چیزهایی زیر پرده است؛ و ما باید آنچه که می‌گذرد به مردم بگوییم و خود مردم تصمیمشان را می‌گیرند و به همین دلیل گفتند که فوراً ما منتشر کنیم.» «9»
صادق قطب‌زاده نیز در مصاحبه‌اش با خبرگزاری پارس (جمهوری اسلامی) با تایید ارسال پیام دوم برای بنی‌صدر گفت «این پیام کارتر توسط سفیر سوئیس در جمهوری اسلامی ایران پیش از ظهر روز دهم فروردین ماه 59 به رئیس جمهور تسلیم شده است.» قطب‌زاده تاکید کرد که پیام اول کارتر را از کاردار سفارت سوئیس در تهران دریافت داشته و شخصاً تسلیم امام کرده است. بنی‌صدر نیز در مصاحبه‌ای دریافت پیام از سوی کارتر را تایید کرد. پس از شفاف‌سازی‌های ایران درباره پیام کارتر، جودی پاول، سخنگوی کاخ سفید که چند روز قبل گفته بود «کارتر و هیچ شخصیت دیگر آمریکایی هیچگونه پیامی برای آیت‌الله خمینی و یا یک شخصیت دیگر ایرانی نفرستاده است»، تایید کرد که کارتر پیامی خطاب به بنی‌صدر درباره بحران بین ایران و آمریکا و آزادی گروگان‌های آمریکایی ارسال کرده است. سخنگوی وزارت خارجه سوئیس نیز گفت کاردار سفارتش در تهران در غیاب سفیر این کشور حامل پیام کارتر به بنی‌صدر بوده است. خبرگزاری رویتر هم اعلام کرد مارگارت تاچر نخست‌وزیر انگلیس، نخست‌وزیر دانمارک و صدراعظم آلمان نیز در پیام‌هایی به رئیس‌جمهور ایران خواستار فیصله دادن به ماجرای گروگانها برای جلوگیری از قطع احتمالی روابط ایران و آمریکا شدند.
سفیر سوئیس که دوشنبه شب، 11 فروردین برای دیدار با بنی‌صدر به ساختمان نخست‌وزیری رفته بود، در پاسخ به سوالی درباره پیام کارتر به امام گفت «تمام پیام‌های از این نوع، سری است و نباید اعلام شوند و در صورت انتشار مطلبی که قرار نیست منتشر شود، همیشه این ریسک وجود دارد که مورد تکذیب قرار بگیرد.» «10»
چند روز بعد قطب‌زاده، وزیر امور خارجه، در مصاحبه با تلویزیون ای‌بی‌سی آمریکا درباره پیام کارتر به امام گفت «این پیام، نامه کتبی و امضاءشده نبود. این پیامی بود که از ایالات متحده و به نام پرزیدنت کارتر آمد و به ما تحویل داده شد، به من و پرزیدنت ابوالحسن بنی‌صدر که ترجمه آن، روز جمعه به امام خمینی داده شد.» «11» ترجمه این پیام به زبان فرانسه تحویل ایران شده بود. روزنامه اطلاعات 14 فروردین‌ماه 1359، تصویر نامه‌ای که سفارت سوئیس به قطب‌زاده داده را منتشر کرد؛ نامه‌ای که پس از مقدمه، عنوان گیرنده و فرستنده هم ذکر شده بود.
روز 18 فروردین‌ماه پس از جلسه چند تن از سران شورای انقلاب و مسئولین کشور با امام، دفتر امام در اطلاعیه‌ای خطاب به مردم اعلام می‌کند «موضع قاطع حضرت امام خمینی، رهبر انقلاب اسلامی ایران، درباره گروگانها تغییری ننموده است و چون گذشته، گروگانها و سفارت تا تشکیل مجلس شورای اسلامی و تعیین سرنوشت آنان بدست وکلای محترم ملت، بدست دانشجویان مسلمان و مبارز باقی می‌ماند.» «12» شامگاه همین روز بود که کارتر طی دستوری قطع روابط سیاسی و بازرگانی آمریکا با جمهوری اسلامی ایران را اعلام کرد.
امام در پیامی خطاب به مردم با استقبال از این اقدام کارتر اعلام کردند «خبر قطع رابطه بین ایران و امریکا را دریافت کردم و اگر کارتر در عمر خود یک کار کرده باشد که بتوان گفت به خیر و صلاح مظلوم است، همین قطع رابطه است. رابطه بین یک ملت به‌پاخاسته برای رهایی از چنگال چپاولگران بین‌المللی با یک چپاولگر عالم‌خوار، همیشه به ضرر ملت مظلوم و به نفع چپاولگر است. ما این قطع رابطه را به فال نیک می‌گیریم، چون که این قطع رابطه دلیلی بر قطع امید امریکا از ایران است.» «13»
امام همچنین در پاسخ به پیام نگرانی پاپ از تیرگی روابط ایران و آمریکا نوشت «من از جنابعالی با نفوذ معنوی که بین ملت مسیح دارید می‌خواهم که دولت امریکا را از عواقب ستمگری‌ها و زورگویی‌ها و چپاولگری‌ها بترسانید؛ و آقای کارتر را که با شکست نهایی مواجه است، نصیحت کنید که با موازین انسانی با ملت‌هایی که می‌خواهند استقلال مطلق داشته باشند و وابسته به هیچ قدرتی در جهان نباشند رفتار کند، و از تعلیمات حضرت مسیح سلام‌الله‌علیه پیروی نماید و خود و دولت امریکا را بیش از این در معرض رسوایی قرار ندهد.» «14»
کمتر از یک ماه بعد، باز هم خبری همه را متعجب می‌کند. نیروهای ویژه آمریکایی که برای رهایی گروگانها در صحرای طبس فرود آمده بودند، گرفتار طوفان شن شده و نابود شده‌اند. ایران تصاویر تجهیزات برجای‌مانده از نیروهای آمریکایی را به جهان مخابره می‌کند تا کارتر در یک ماه، دو شکست بزرگ را تجربه کند. چند روز بعد سایروس ونس، وزیر خارجه آمریکا، در اعتراض به عملیات نظامی این کشور در ایران استعفا داد. کارتر بعدها از این روز به عنوان یکی از بدترین روزهای عمرش یاد کرد.
امام مدتی بعد در سخنرانی خود به این مسئله اشاره کرده و می‌گویند «نباید بیدار بشوند آنهایی که توجه به معنویات ندارند و به این غیب ایمان نیاورده‌اند؟ نباید بیدار بشوند؟ کی این هلیکوپترهای آقای کارتر را که می‌خواستند به ایران بیایند ساقط کرد؟ ما ساقط کردیم؟ شن‌ها ساقط کردند، شن‌ها مامور خدا بودند، باد مامور خداست، قوم عاد را باد از بین برد. این باد مامور خداست، این شن‌ها همه مامورند. تجربه بکنند باز.» «15»
با افتتاح مجلس شورای اسلامی در خردادماه، امام طی نامه‌ای تصمیم‌گیری پیرامون گروگان‌های آمریکایی را به آنها واگذار می‌کند. دولت پروسه اجرایی رسیدن به یک توافقنامه با ایالات متحده آمریکا را برعهده داشت. با توجه به قطع رابطه سیاسی بین دو کشور از سوی آمریکا، دولت الجزایر به عنوان حافظ منافع جمهوری اسلامی ایران واسطه رسیدن به تفاهم نهایی بود.
در آستانه انتخابات آمریکا، انقلابیون ایران از دو زاویه آن را تحلیل می‌کنند. برخی معتقدند با توجه به اینکه رقیب کارتر، ریگان جمهوری‌خواه است، باید ماجرای گروگانها را قبل از انتخابات تمام کرد تا کارتر با این برگ برنده بتواند مجدداً رئیس‌جمهور شود؛ چراکه در بین دو جریان اصلی آمریکا، ضرر دموکرات‌ها کمتر از جمهوری‌خواهان است. برخی دیگر معتقدند ما نباید در پازل جناح‌بندی‌های داخلی آمریکا و بازی «پلیس خوب و بد» گرفتار شویم. آنها معتقدند حالا که مسئله گروگانها نقش مهمی در انتخابات آمریکا دارد و در حالی که امام در یک سال گذشته بارها زبان به شماتت کارتر گشوده‌اند و حتی گفته‌اند «آقای کارتر باید به فکر کاری غیر از ریاست‌جمهوری باشد»، امتیاردهی ایران به کارتر اشتباه است.
ریگان نیز در همان ایام گفته بود «اگر گروگانها پیش از انتخابات آزاد شوند، تعجب نخواهم کرد، زیرا ممکن است ایرانیان به عنوان رئیس‌جمهور، کارتر را بر من ترجیح داده باشند.» روز پنجشنبه پانزدهم آبان ۱۳۵۹ آخرین جلسه علنی مجلس قبل از انتخابات ریاست‌جمهوری آمریکا برگزار می‌شود. «همه شرایط برای تمام کردن موضوع فراهم شده بود. قرار غیررسمی آن بود که در روز پنجشنبه بیانیه الجزایر به تصویب نمایندگان مجلس برسد و روز جمعه گروگانها از تهران به پایگاه آمریکایی‌ها در آلمان منتقل شوند و همان روز یا حداکثر روز شنبه آقای کارتر از گروگان‌های آزادشده در کاخ سفید استقبال نماید و در حقیقت با این برگ برنده، پیروزی خویش بر رونالد ریگان را قطعی کند.» «16»
در حالی که جلسه به ساعات پایانی نزدیک می‌شد و هاشمی رفسنجانی مجلس را برای رای‌گیری آماده کرد، ۲۷ نفر از نمایندگان دقایقی قبل از رای‌گیری مجلس را ترک می‌کنند و مجلس از اکثریت می‌افتد. به این ترتیب بررسی شروط آزادی گروگانها و قرارداد الجزایر به پس از انتخابات آمریکا موکول می‌شود و کارتر که هیچ برگ برنده‌ای در دست نداشت، از ریگان شکست می‌خورد. 16 آبان‌ماه، آیت‌الله خامنه‌ای، امام جمعه تهران، در واکنش به انتخاب ریگان گفت «کارتر می‌رود کسی دیگر به جای او می‌آید. از نظر ملت ایران؛ آمریکا و امپریالیسم و استکبار و ظلم و قدرت شیطانی شیطان بزرگ؛ فرقی میان کارتر و ریگان نمی‌بیند.» همیلتون جردن، رئیس ستاد کاخ سفید پیش از انتخابات به درستی گفته بود «کلید انتخابات ریاست‌جمهوری آمریکا در دست کسان دیگری در آن سوی دنیا است که تصمیم و عملشان تا آخرین لحظه قابل پیش‌بینی نیست.»