سخنان آیت‌الله موسوی اردبیلی پس از ملاقات با امام خمینی در 18 آذرماه 1359 بسیار هولناک بود. او گفت امام از شایعات مربوط به شکنجه در زندان‌های کشور به شدت ناراحت هستند و مرا مامور کردند تا برای رسیدگی به این مسئله، هیئتی تشکیل دهم. این هیئت باید از همه زندان‌ها بازدید کند و در صورت اثبات شکنجه، باید شکنجه‌گر قصاص شود. اما ماجرای شایعه شکنجه چه بود که آوازه آن حتی به گوش امام رسیده بود؟
از روزهای نخست پس از پیروزی انقلاب اسلامی، یکی از مهم‌ترین راهبردهای تبلیغاتی سازمان مجاهدین خلق، مانور بر روی شکنجه‌شدن اعضای سازمان پیش از پیروزی انقلاب و در زندان‌های رژیم پهلوی بود. دلیل انتخاب این راهبرد تبلیغاتی آن بود که در نظر سازمان مجاهدین خلق انگیزش‌های عاطفی مهم‌ترین محور پیوند افراد تازه‌وارد با سازمان بود. با این شیوه، نفرات تازه‌وارد بدون آنکه شناخت عمیق از مبانی اعتقادی سازمان داشته باشند، پیوندهای محکم و تعصبی نسبت به سازمان می‌یافتند. از آنجا که سازمان مجاهدین خلق نیت کرده بود به رویارویی با نظام نوپا بپردازد، همین سیاست را نیز در قبال جمهوری اسلامی اتخاذ کرد. این شیوه‌ی مناسبی بود تا هواداران و سمپات‌های جدید سازمان را منسجم کند و با همسان‌سازی و ایجاد ارتباط میان جمهوری اسلامی و رژیم پهلوی، بذر نفرت نسبت به نظام، پاسدارها و افراد حزب‌اللهی را در اندیشه آنها بکارد.
اتهام شکنجه و چماقداری و منسوب‌کردن آن به نظام جمهوری اسلامی که از روزهای ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی شروع شده بود، از نیمه‌ی دوم سال 1359 با قوت بیشتری دنبال شد و یکی از محورهای تبلیغاتی مهم سازمان محسوب می‌شد. به دنبال این شایعه‌سازی، بنی‌صدر و سایر گروهک‌های معاند و لیبرال‌ها نیز به همراهی و هم‌نوایی با این تبلیغات پرداختند. به عنوان نمونه، پس از سخنرانی روز عاشورای بنی‌صدر در 28 آبان‌ماه 1359 و تاکید شدید او بر اتهام شکنجه در زندان‌ها، روزنامه‌های انقلاب اسلامی، میزان و... با مقالات تند و انتشار گزارش‌هایی از نمونه‌های شکنجه به موضوع هیجان و شور بیشتری بخشیدند. روزنامه‌ی انقلاب اسلامی به صاحب امتیازی ابوالحسن بنی‌صدر، در گزارش بخشی از سخنرانی جنجالی او درباره‌ی شکنجه در زندان‌های کشور نوشت:
«رئیس‌جمهور سپس با اشاره به این نکته که در قانون اساسی ما چند جور زندان پیش‌بینی شده گفت: در قانون اساسی ما شکنجه مگر حرام نشده؟ ممنوع نشده؟ در کجای دنیا، در کدام دین و در کجای اسلام، در کدام کشور اسلامی در حکومت اسلامی‌اش شش نوع زندان وجود دارد؟ چرا اینها تعطیل نمی‌شوند؟ چرا اینها تعطیل نمی‌شوند؟... چرا هر کسی و هر نهادی یک زندان داشته باشد؟ اینها باید تعطیل بشوند. جو اسلامی جو اعتماد است. اسلام دین اعتماد است، دین معنویت است، دین نترسیدن است. در اسلام فقط از خدا باید ترسید، آن هم در مقام گناه که باید ترسید. بنابراین این همه دستگاه‌های ترسناک و مخوف درست نکنیم. چرا هیئتی تشکیل نمی‌شود و به کار این زندان‌های گوناگون نمی‌رسد؟ چرا رسیدگی نمی‌کند که آیا شکنجه هست یا نه؟ چطور ممکن است در رژیم اسلامی انسان و جان او این‌همه بی‌منزلت شده باشد که بتوان مثل آب خوردن محکوم کرد و بدون اینکه کسی بفهمد کار او را تمام کرد؟... چطور می‌شود که اشخاص را می‌گیرند، زندان می‌برند و ماه‌ها جزو فراموش‌شدگان می‌شود؟ بس کنید این کارها را. دستگاه قضایی ما باید بی‌طرف باشد، مستقل باشد و نباید اجازه داد انواع و اقسام پیدا کند و ابزار قدرت سیاسی بشود.» «2»
این سخنرانی بنی‌صدر منطبق با برنامه‌ریزی و خواست سازمان مجاهدین خلق بود. به مرور زمان با سندسازی، انتشار تصاویر پاهای تاول‌زده و کبودشده‌ی بعضی از زندانیان و برخی ادعاهای دروغین شکنجه‌شدگان، این اتهام علیه دستگاه قضایی کشور از زبان گروه‌های معارض بلندتر شنیده می‌شد. در شهرستان‌های شیراز، کرج، اهواز و در زندان اوین، مردان زندانی ادعای شکنجه با سیگار و یا میل داغ و مانند آن را داشتند و دختران هوادار منافقین مدعی تجاوز بودند که بعدها غالباً به ساختگی‌بودن آنها اعتراف می‌نمودند. برای نمونه می‌توان محمود محمدیان را در اهواز مثال زد که فیلم ویدئویی وی و شرح اعترافات او تکان‌دهنده است. فیلم ویدئویی گرفته‌شده حکایت از حداقل شصت نقطه سوزانده‌شده در بدن داشت که متهم با سیگار خود را سوزانده بود و طی نقشه‌ای قصد داشت آن را در ملاقات عمومی به خانواده‌های زندانیان نشان دهد. «3» نمونه های دیگر از این قبیل مدارک ساختگی را می‌توان در نشریه مجاهد دنبال کرد. ارگان رسمی سازمان مجاهدین خلق در شماره 123 و در سلسله مطالبی با عنوان «گزارش مستند در مورد شکنجه» نوشت:
«در ماجرای اخیر یکی دیگر از برادران [محمود میری] را در شیراز ربوده و در منزلی... مورد شکنجه و ضرب و شتم قرار می دهند. این برادر در فرصتی مناسب از غفلت شکنجه‌گران استفاده کرده و از طریق باغی که در مجاورت منزل بوده موفق به فرار می شود و بدین‌ترتیب خانه‌ی امن مذکور و اسامی تعدادی از شکنجه گران مشخص می‌شود. این خانه متعلق به واحد اطلاعات و تحقیقات سپاه پاسداران شیراز بوده و افراد آن نیز همگی از افراد سپاه پاسداران بوده که علاوه بر حاکمیت حزب چماقداران جمهوری بر این ارکان، برخی از همان پاسداران نیز به طور مشخص با این حزب در رابطه هستند. لازم به توضیح است که بعد از فرار این برادر از آن خانه و لو رفتن آدرس آن، به دستور مقامات بالای سپاه، این خانه تعطیل شده و در حال حاضر به صورت مسکونیِ معمولی درآمده است.» «4»
در ادامه‌ی همین ماجرا، نشریه‌ی مجاهد گزارش مبسوطی از نحوه ربوده‌شدن، شکنجه و فرار محمود میری ارائه داد. مدتی بعد اما محمود میری، عضو سابق سازمان مجاهدین خلق که به عنوان قربانی معرفی شده بود، در خصوص مرکز شکنجه‌ی قلابی لب به اعتراف و افشاگری گشود و طی گفتگویی اظهار داشت:
«این اقدام به وسیله شخصی به اسم مستعار محمدتقی برنامه‌ریزی شده بود که با من خصومت شخصی داشت بیرون کردند. سازمان پس از اطلاع از این موضوع سعی داشت گناه این جریان را به گردن سپاه بیندازد و هرچه من می خواستم به آنها بفهمانم که در این خانه عده‌ای معتاد و اوباش بوده‌اند و ربطی به سپاه نداشت، آنها کل جریان را به سپاه. برخلاف ادعای نشریه مجاهد خانه‌ای که در آن من به وسیله محمدتقی و هم‌دستان وی کتک خوردم، مرکز تجمع معتادان بود. نه آرم سپاه را در آنجا دیدم و نه چیز دیگری و من پس از کتک‌خوردن از آنجا فرار نکردم بلکه به زور مرا ربط می دادند و می گفتند شما ضوابط امنیتی را رعایت نکردید و بعد از آن حدود 60 درصد از کسانی را که با من همکاری داشتند، کنار گذاشتند و از من هم استفاده نمی‌کردند، چون به قول خودشان ممکن بود ضربه بخورند.» «5»
نقطه اتکای سازمان منافقین برای اثبات شکنجه در زندان‌ها، استناد به افرادی بود که حدود شرعی یا تعزیرات روی آنها اجرا شده بود. برخی مسئولین ذی‌ربط نیز این بازی رسانه‌ای سازمان مجاهدین خلق را افشا نموده و گوش‌زد کردند که حدود و تعزیرات، اجزای لاینفک قضایی در اسلام است. سازمان مجاهدین خلق اما هنگامی که حقه رسانه‌ای خود را در شرف برملا شدن دید، جاری‌شدن حد را با عبارت «کلاه شرعی برای شکنجه» عنوان کرد و سعی در به حاشیه بردن احکام اسلام نمود. «6»
بالا گرفتن آتش اتهامات و شایعات پیرامون شکنجه پیش از واقعه 30 خرداد، مسئولین امر را واداشت که به اتهامات پاسخ بدهند. شهید محمد کچوئی به عنوان سرپرست وقت زندان اوین با تشکیل یک مصاحبه مطبوعاتی به آماج شایعات سازمان مجاهدین خلق و لیبرال‌ها پاسخ داد:
«من به عنوان یک مقام مسئول، مسئله شکنجه در زندان اوین را رد می‌کنم. نوع زندان‌ها به این صورت است که زندان‌های موقت سپاه و کمیته در رابطه با زندان اوین هستند، زندان قصر هم مربوط به شهربانی است و سرپرست آن دادستان و شورای عالی قضایی می‌باشد... به ما وقتی اعتراض وارد می‌شود که به منافع افرادی که صددرصد مخالف هستند ضربه‌هایی وارد می‌شود.» «7»
سخنان محمدی ری‌شهری، حاکم شرع دادگاه‌های انقلاب ارتش درباره ادعای بنی‌صدر نیز در آن مقطع بسیار مهم و روشنگر بود. علاوه بر پاسخگویی مسئولان قضایی کشور، هیئت بررسی شایعه شکنجه به فرمان امام خمینی تشکیل شد. این هیئت به ریاست محمد منتظری به عنوان نماینده امام خمینی و با عضویت علی‌محمد بشارتی نماینده مجلس، حسین دادگر دادستان عمومی تهران و گودرز افتخار جهرمی نماینده شورای نگهبان تشکیل شده بود.
پس از بررسی زندان‌ها و ارتباط با گروه‌های مدعی شکنجه، این هیئت همه اخبار مربوط را جمع‌آوری کردند و در نهایت همه آن ادعاها را بی‌اساس یافتند؛ ولی وجود موارد پراکنده ضرب و شتم برخی زندانیان را آن هم به علت اقداماتی نظیر عدم رعایت انضباط، فحاشی، اغتشاش یا عدم رعایت نظافت، مورد تایید قرار دادند. نظر برخی از اعضای این هیئت در طول تحقیقات شنیدنی است. مثلاً علی‌محمد بشارتی اعتقاد داشت: «حتی یک مورد شکنجه هم در زندان‌های ما دیده نشده است. تعداد معدودی ایذا و آزار که جنبه شخصی داشت دیده شد که عاملین آن نیز تحت تعقیب قرار گرفتند.» حسین دادگر، دادستان عمومی تهران، نیز اظهار داشت: «زندانیان پیش از هر چیز از بلاتکلیفی و یا در انتظار عفو بودن خودشان می‌گفتند و اینکه اصلاً شکنجه وجود ندارد و چرا این سوال را می‌کنید؟!» شهید محمد منتظری، نماینده امام خمینی در هیئت بررسی شکنجه، هم در میانه تحقیقات به نکته‌ی مهمی اشاره می‌کند:
«نظام حاکم بر بازجویی‌ها و بازپرسی و دادگاه‌ها و زندان‌های ما به هیچ وجه مبتنی بر شکنجه نیست و اگر موارد معدودی دیده شده، به طور استثنایی و از سوی افراد غیرمسئول بوده است و اتهام وارد به روش بازجویی و بازپرسی از طرف یکی از مقامات کشور به هیچ وجه صحیح نیست... تجاوز به یک جوان را به عنوان نمونه‌ای از شکنجه یاد می‌کردند که هیچ ربطی به شکنجه ندارد، بلکه مربوط به انحراف جنسی است.» «8»
همچنین پس از تحقیقات مسئولین قضایی وقت و هیئت رسیدگی به شایعه شکنجه که از جانب امام خمینی ماموریت گرفته بودند، مشخص شد عکس‌های منتشرشده از بدن و پاهای کبود و تاول‌زده هم مربوط به افرادی بود که در اثر داشتن روابط نامشروع یا شراب‌خواری محکوم شده بودند و حکم شرعی نظیر شلاق در مورد آنها به اجرا درآمده بود. به علاوه مشخص شد که در دادگاه مواد مخدر این مسئله حادتر بود که همگی به تعزیر و احکام شرعی مربوط می‌شد. سرانجام در روز 30 فروردین 1360 اعضای هیئت بررسی در تلویزیون گرد هم آمدند و طی مصاحبه‌ای که بیش از یک ساعت طول کشید، اعلام کردند که وجود هر نوع شکنجه در زندان دروغ محض است. مقالات و مصاحبه‌های روزنامه‌های کیهان، اطلاعات و جمهوری اسلامی و سپس گزارش نهایی هیئت مزبور که به رهبری و مسئولان رسمی کشور ارائه شده بود هم موید اجرای حدود و تعزیرات و نتیجه‌گیری فوق بود.