«و شما مشغول به نوشتن چیزهایی می‌شوید که آخرت‌تان را خراب‌تر می‌کند». این جمله، بخشی از نامه‌ی ششم فروردین امام برای عزل قائم‌مقامش بود که شاید تا سال‌ها مورد توجه قرار نگرفته و درک نشد. روندی که آیت‌الله منتظری در سال‌های پس از امام طی کرد، روز به روز او را از «فقیه عالیقدر» و «امید امت و امام» بودن سال‌های دهه شصت دورتر و بیش از پیش به مخالفین امام و انقلاب نزدیک‌تر می‌کرد. یازده سال پس از این نامه امام، با انتشار خاطرات آیت‌الله منتظری توسط سایت ایشان بود که همگان شاهد محقق شدن یکی دیگر از پیش بینی‌های ایشان بودند. خاطرات آیت‌الله منتظری با حجم بیش از 1100 صفحه از ابتدای زندگی ایشان و تشریح فضای حوزه در سال‌های زعامت آیت‌الله بروجردی شروع شده و با مسائل مربوط به حصر ایشان در سال 76 پایان می یابد.
طبیعتا به علت جایگاه آیت‌الله منتظری به عنوان شخص دوم جمهوری اسلامی و اختلافات پیش آمده بین ایشان و امام، خاطرات سال‌های67-60 از مهم‌ترین فصول این کتاب است. فارغ از تحریف‌های متعدد تاریخی، «امام»ی که خاطرات آیت‌الله منتظری روایت می‌کند؛ شخصیتی متزلزل، ساده‌اندیش، تحت تاثیر القائات اطرافیان و بی‌اطلاع و منقطع از مسائل جاری مملکت است. در مقابل، تصویری که از آیت‌الله منتظری ترسیم می‌شود؛ شخصیتی باهوش، القاناپذیر، جامع الاطراف و دوراندیش است. به تعبیر دقیق‌تر ایشان برای چهره‌سازی از خود، امام را تضعیف و تخریب کرده است و در دوگانه خود و امام، ایشان را مظهر همه ضعف‌ها و سستی‌ها و خود را مظهر کیاست و سیاست معرفی کرده است.
بهار 87 تعدادی از سران بهائیت در ایران به خاطر جرائم امنیتی بازداشت می‌شوند. یک روز بعد آیت‌الله منتظری در پاسخ به سوالی مکتوب، از لزوم رعایت حق شهروندی بهائیان دفاع می‌کند. این مساله با استقبال گسترده ضدانقلاب خارج‌نشین و حتی نماینده بهائیان در سازمان ملل روبرو می‌شود. آیت‌الله منتظری چندسال قبل در کتاب خاطراتش، بخشی را به سوابق مبارزه‌اش با بهائیان در سال‌های قبل ازانقلاب اختصاص داده بود و نتیجه اقداماتش را چنین نوشته بود: «آن وقت کاری که من کردم این بود که تمام طبقات و اصناف نجف‌آباد را دعوت کردم و همه علیه بهائیت اعلامیه دادند. مثلا نانواها نوشتند ما به بهائی‌ها نان نمی‌فروشیم، راننده‌ها امضا کردند که ما دیگر سوارشان نمی‌کنیم، از همه علمای نجف‌آباد و افرادی که با صنف‌های مختلف مربوط بودند کمک گرفتیم.»
در همین سال صادق صبا تحلیلگر بیبیسی که -مدتی بعد رئیس بخش فارسی بیبیسی شد- به نمایندگی از این شبکه با منتظری دیدار کرد. صبا در گزارشی از دیدار یک‌ساعته‌اش با منتظری، قدردانی او از پوشش اخبارش توسط بیبیسی را اینگونه روایت کرده است: «آیت‌الله منتظری از بیبیسی به خاطر پوشش خبری حصر خانگی‌اش تشکر کرد و گفت حتی زمانی که معاون رهبر وقت جمهوری اسلامی ایران بوده به رادیوی فارسی بیبیسی گوش می‌داده است. احمد منتظری نیز گفت دولت ایران می‌خواهد با بازداشت خانگی پدرش نام او را از حافظه مردم محو کند اما پیروان پدرش و مردم با شنیدن اخبار بیبیسی فارسی از آنچه بر او می گذشته مطلع می‌شدند.»
این در حالی بود که آیت‌الله منتظری و دوستدارانش دو دهه قبل، بخشی از فرآیند عزل او را پروژه مشترک بیبیسی و وزارت اطلاعات می‌دانستند. حتی منابع تاریخی جریان آیت‌الله منتظری در توصیف سال‌های پایانی قائم‌مقامی‌اش می‌نویسند «آیت‌الله منتظری به خاطر سوءظن شدیدی که مدت‌ها بود به رادیو فتنه‌گر بیبیسی داشت و آن را کرارا گفته بود از هرگونه رویارویی با نماینده آن خودداری ورزید.» در ایام هشت ماهه فتنه 88، وجاهت فقهی آیت‌الله منتظری یکی از عواملی است که برخی با تمسک به آن درصدد تضعیف نظام و انقلاب برآمدند. آیت‌الله این‌بار موضعی می‌گبرد که سخص رهبری را هدف گرفته است. او 19 تیرماه در پاسخ به پرسش‌های محسن کدیور درباره مشروعیت مسئولان و متصدیان حاکمیت می‌نویسد: «از بین رفتن هریک از شرایط مذکور در سوال که شرعا و عقلا در صحت و مشروعیت اصل تولیت و تصدی امور عامه جامعه دخیل است خود به خود و بدون حاجت به عزل، موجب سقوط قهری ولایت و تصدی امر اجتماعی و عدم نفوذ احکام صادره از سوی آن متولی و متصدی میگردد.»
آیت‌الله منتظری در بیانیه‌ای در مردادماه 1388 ضمن مقایسه جمهوری اسلامی و رژیم شاهنشاهی می‌نویسد: «تصمیم‌گیرندگان حوادث و فجایع اخیر آیا تجربه حکومت شاه و سایر رژیم‌های استبدادی را از یاد برده‌اند؟ مگر رژیم شاه با ایجاد خفقان و رعب و سرکوب آزادی خواهان و سانسور رسانه‌ها و زندانی و شکنجه نمودن فعالان سیاسی و معترضین و اعتراف‌گیری از آنان و پرونده‌سازی و تبلیغات دروغ توانست در مقابل موج اعتراضات و نارضایتی‌های مردم مقاومت کند؟» آیت‌الله منتظری آبان ماه 88 در سالگرد سی‌سالگی تسخیر لانه جاسوسی، در پاسخ به سوالی این اقدام را اشتباه دانست و گفت «اشغال سفارت آمریکا در بدو پیروزی انقلاب که مورد حمایت اکثر اقشار انقلابی و مرحوم امام خمینی بود، مورد تایید اینجانب نیز بود؛ ولی با آن عوارض منفی و حساسیت شدیدی که بین مردم آمریکا بوجود آورد که هنوز آثار آن باقی است، معلوم شد که کار درستی نبوده است.»
سیر مواضع متعدد و شدید و غلیظ آیت‌الله منتظری علیه جمهوری اسلامی آنقدر برای ضد انقلاب و اپوزیسیون خوشحال کننده است که 19 آذرماه 88 ،کانون‌مدافعان حقوق‌بشر که افرادی مثل ابراهیم یزدی، حبیب الله پیمان، نرگس محمدی، شیرین عبادی، عبدالفتاح سلطانی، تقی رحمانی و محمدعلی دادخواه با حضور در منزل آیت‌الله منتظری تندیس «تلاشگر حقوق بشر» را به او اهدا کردند. این آخرین برگ کارنامه سیاسی آیت‌اللهی بود که امام در نامه 8 فروردین 68 خطاب به او نوشته بود: «من صلاح شما و انقلاب را در این می بینم که شما فقیهی باشید که نظام و مردم از نظرات شما استفاده کنند.»