آقای مرتضی حائری از بعضی مسائل ناراحت شده بود. حتی مدتی از قم به مشهد رفت ولی با اصرار امام به قم برگشت و درس را شروع کرد. او زمانی از مخلصان امام بود و جلسات زیادی با ایشان داشت. وقتی که امام در مدرسه فیضیه علیه شاه سخنرانی کردند، آقای مرتضی حائری خیلی از این امر استقبال کرد. خود امام به من گفتند: آقای مرتضی فردای آن روز آمد و به زور دست مرا بوسید و گفت: شما انتقام جریانات گوهرشاد را با این حملات از شاه گرفتید. خیلی هم خوشحال بود. اما بعدها ایشان را از امام جدا کردند. حاج آقا مصطفی نقل می کرد: یک روز صبح رفتم خدمت امام. آقا یک کاغذ را جلوی من به زمین کوبیدند و گفتند: این هم کاغذ آقا مرتضای تو. ظاهراً آقای حائری در آن نامه نوشته بود که همهٔ کارهای شما خلاف شرع است و امام از این بابت خیلی رنجیده خاطر شده بود که چرا او که سالها با ایشان بود و شاید در درس ایشان هم شرکت کرده بود، اینطور قضاوت می کند.
منبع: برداشت هایی از سیره ی امام خمینی (ره)؛ جلد چهار، صفحه 178.
راوی: آیت الله صادق خلخالی.